Инициатором создания школы-студии был один из основателей МХАТ им. М. Горького, Владимир Иванович Немирович-Данченко. Замысел был высказан на совещании руководителей МХАТ им. М. Горького 21 марта 1943 года и стал, фактически, его завещанием. Через месяц (25 апреля) великий режиссёр и педагог скончался от сердечного приступа. На следующий день (26 апреля 1943 года) было издано специальное постановление Совнаркома об увековечении его памяти, в котором предусматривалось создание школы-студии им. Немировича-Данченко при МХАТ СССР им. М. Горького. Школа-студия была официально открыта 20 октября 1943 года, а её первым ректором стал Василий Григорьевич Сахновский. Первый выпуск, состоящий из 27 человек, закончил школу в 1947 году.
«Я пригласил всех, чтобы поговорить о школе. Мне кажется, можно немедленно приступить к её созданию. У меня выросло конкретное понятие: „Школа-студия-театр“ или „Студия-школа-театр“… В художественном отношении Школа-студия должна быть автономна. Да, она должна знать, что такое искусство Художественного театра, но это не значит, что должна всецело ему подчиняться. В начале, может быть, и будет увлечение, а постепенно с ростом студийцев пусть вырабатывается своё понимание искусства.»
В. И. Немирович-Данченко. Из стенограммы совещания руководства МХАТ от 21 марта 1943 г.
Изначально в Школе-студии был запланирован только один факультет — «актерский» (специальность — актёр драматического театра и кино), а «постановочный» набор (специальность — художник-технолог сцены) предполагался разовым для удовлетворения потребностей самого МХАТа. Однако жизнь принесла изменения, и на сегодняшний день выпускники факультета успешно управляют художественной частью большинства московских театров. В 1987 году на факультете было открыто отделение театральных художников под руководством В. Я. Левенталя. В 1989 году появилось отделение художников-технологов по сценическому костюму под руководством народного художника России Элеоноры Маклаковой, а с 2005 года выпускающая кафедра сценического костюма готовит художников и технологов сценического костюма. Отделение художников по свету (специальность — художник-технолог по свету) было открыто в 1988 году, и сейчас эта квалификация существует в рамках общей программы подготовки специалистов «Художник-технолог сцены». Также, начиная с 1991 года, действует отделение театрального менеджмента, которое в 2005 году было преобразовано в продюсерский факультет.
