Никита Минин родился 17 мая 1605 год в селе Вельдеманово, Нижегородская область. Отец отдал мальчика учиться грамоте и Священному Писанию. В двенадцать лет мальчик отправился в Желтоводский Макариев монастырь, где пробыл послушником вплоть до 1624 года. Позднее по настоянию родственников, вынужден вернуться домой в родное село.
Вернувшись, Никита женился и принял сан иерея. Около 1626 года назначен священником одной из московских церквей, по просьбе московских купцов, узнавших о его начитанности. Смерть детей в 1635 году привела к окончательному решению оставить мир и в возрасте тридцати лет принял постриг с именем Никон в Свято-Троицком Анзерском скиту Соловецкого монастыря. В 1639 году бежал из скита и принят в Кожеозерский монастырь. В 1643 году избран игуменом монастыря.
В 1646 году Никон отправился в Москву, где явился, по тогдашнему обычаю новопоставленных игуменов, с поклоном к молодому царю Алексею Михайловичу, произвел на него хорошее впечатление. Царь велел священнику остаться в Москве, а Патриарху Иосифу посвятить его в архимандриты Новоспасского монастыря. Став во главе братии Новоспасской обители, вошел в состав неформального кружка духовных и светских лиц. Начал ездить к царю во дворец каждую пятницу для бесед и совета не только по духовным делам, но и по государственным. В марте 1649 года возведен в сан митрополита Новгородского и Великолуцкого.
В 1652 году Никон торжественно возведен на престол патриархов Московских и Всероссийских. Во время интронизации вынудил царя дать обещание не вмешиваться в дела Церкви. Многие годы собиравший греческие и византийские тексты и серьёзно участвовавший в обсуждениях «Кружка ревнителей благочестия», считал важным привести русские православные обряды и книги в соответствие с греческими.
Перед Великим постом 1653 года Никон предписал совершать крестное знамение тремя перстами, что противоречило актам Поместного Стоглавого Собора 1551 года, закрепившим двоеперстие. Далее продолжил реформу, собирая соборы. Собор 1654 года положил начало делу унификации московских книг по греческим книгам, напечатанным в XVI веке на Западе. Реформаторская деятельность Патриарха Московского и всея Руси привела к расколу русской православной церкви.
Молодой царь Алексей Михайлович почитал патриарха Никона, доверял его советам в делах государственного управления, а во время войн с Речью Посполитой и длительного своего отсутствия оставлял патриарха де-факто во главе правительства. Но вскоре произошел конфликт между патриархом и царем. Причиной разногласия послужило Соборное уложение, принятое в 1649 году. Также бояре, которым не нравилась приближенность к царю, плели против патриарха интриги. В результате удалился в Воскресенский Новоиерусалимский монастырь.
В небольшой церкви Благовещения в Чудовом монастыре 22 декабря 1666 года состоялся суд поместного собора Русской церкви над патриархом Никоном. По обвинению во вмешательстве в государственные дела, злоупотреблении анафемой, применении наказаний и пыток к инокам, а также другим «противодеяниям» Никон исключен из патриаршеского сана и извергнут из священства, став простым монахом.
Монах Никон сослан в Ферапонтов Белозерский монастырь. После смерти Алексея Михайловича переведен под более строгий надзор в Кирилло-Белозерский монастырь, подорвал здоровье. Новый русский царь Федор Алексеевич сочувствовал изгнанному старцу, поэтому, вопреки желанию церкви, позволил бывшему патриарху вернуться в Воскресенский монастырь.
Тяжелобольной монах не осилил дальней дороги и скончался на ярославской земле 17 августа 1681 года. Погребен, согласно его завещанию, в южном приделе собора Воскресенского Новоиерусалимского монастыря.
В 1682 году Федор Алексеевич исходатайствовал у восточных патриархов разрешительные грамоты. В них повелевалось причислить Никона к лику патриархов.
