Семён Ильич Макеев родился 28 апреля 1898 года в деревне Иньшеково (ныне в Егорьевском районе Московской области). С февраля 1917 года по 1918 год он служил в Русской императорской армии как рядовой Павловского лейб-гвардии полка в Петрограде. После расформирования старой армии в апреле 1918 года был демобилизован, но остался работать в Петрограде.
В Красной Армии он начал служить с сентября 1918 года как доброволец. До декабря того же года он служил красноармейцем в 1-м Железном полку защиты Пролетарской революции, после чего был направлен на учёбу. В 1919 году он успешно окончил 1-е Петроградские советские артиллерийские курсы. Макеев активно участвовал в Гражданской войне в России, выделяясь при отражении наступления войск генерала Н. Н. Юденича на Петроград.
С сентября 1919 года он сражался в 10-й стрелковой дивизии, затем воевал на советско-польской войне в составе Западного фронта, а также против войск генерала С. Н. Булак-Балаховича. С апреля по сентябрь 1921 года Макеев был старшим инструктором Московской запасной артиллерийской бригады. В 1922 году он успешно окончил артиллерийскую школу Западного фронта в Смоленске.
С октября 1922 года он служил в 14-й стрелковой дивизии Московского военного округа в Шуе, занимая различные должности, включая помощника командира батареи, командира батареи и начальника полковой школы. В 1925 году он прошёл курсы усовершенствования комсостава при Ленинградской автотракторной школе. С марта 1929 года он служил в 17-й стрелковой дивизии в Нижнем Новгороде, а затем в Крыму как помощник командира дивизиона и командир дивизиона артиллерийского полка.
В 1930 году Макеев окончил КУКС зенитной артиллерии в Севастополе. С декабря 1930 по сентябрь 1931 года он командовал курсантской батареей Севастопольской школы зенитной артиллерии. В 1936 году он окончил Артиллерийскую академию РККА имени Ф. Э. Дзержинского и был назначен командиром 18-го полка ПВО в Карачеве.
В начале Великой Отечественной войны Макеев был направлен на Юго-Западный фронт для помощи в организации противовоздушной обороны. В июле он был назначен заместителем командира 1-го корпуса ПВО в Москве и активно участвовал в отражении налётов немецкой авиации на Москву. За отличия осенью 1941 года он был награждён орденом Красной Звезды, однако в апреле 1942 года был отстранён от должности из-за плохой организации дежурства и назначен командиром 1157-го пушечного артиллерийского полка РГК.
С июня 1942 года Макеев был начальником учебного центра войск зенитной артиллерии. С ноября 1944 года и до конца войны он командовал Ленинградской армией ПВО. После окончания войны, с октября 1945 года, он командовал 16-м Особым корпусом ПВО. А с августа 1946 года — артиллерией Войск ПВО страны.
В июле 1951 г. переведен на ту лее должность в 45-ю воздушную армию ЗабВО. В январе 1956 г. уволен в запас.
Награжден орденом Ленина, 3 орденами Красного Знамени, орденом Кутузова 2 ст., 2 орденами Отечественной войны 1 ст., орденом Красной Звезды, медалями.
Семён Ильич Макеев скончался 15 октября 1987 года в Москве, похоронен на Хованском кладбище.
