Родившийся 6 ноября 1936 года в бессарабском селе Клокушна (ныне — Окницкий район Республики Молдавия), Эмиль Лотяну прошел путь от детства в Молдавии до зрелости в мире кинематографа.
Учившись в школе своего родного села, после присоединения Бессарабии к СССР в 1944 году, он остался с отцом, в то время как его младший брат переехал к матери в Бухарест. После внезапной смерти отца в 1949 году и потери связи с матерью, Лотяну оказался без крова, живя на улицах и пытаясь выжить. Однажды он даже попытался переплыть реку, чтобы вернуться к бабушке и дедушке, но его арестовали и отправили к матери в Бухарест.
После средней школы в Румынии он стремился продолжить свое образование в сфере кино, но его запрос был отклонен. Затем, в 1952 году, он вернулся в родную Клокушну, чтобы изучать кино в Советском Союзе.
С 1953 по 1954 год Лотяну работал актером в Драматическом театре имени А. С. Пушкина в Кишиневе, а затем продолжил свое образование на актерском факультете Школы-студии МХАТ.
В 1962 году он закончил режиссерский факультет ВГИКа и начал свою карьеру режиссера на киностудии «Молдова-фильм». Его работы, такие как «Ждите нас на рассвете» (1963) и «Красные поляны» (1966), получили признание.
Член КПСС с 1968 года, Лотяну продолжал работать над фильмами, включая «Лаутары» (1971), который был отмечен призом кинофестиваля в Сан-Себастьяне.
С 1973 года он работал на киностудии «Мосфильм«, где снял такие фильмы, как «Табор уходит в небо», «Мой ласковый и нежный зверь» и «Анна Павлова».
После руководства мастерскими режиссеров, в конце 1980-х годов, Лотяну вернулся в «Молдова-фильм» и работал на молдавском телевидении.
С 1987 по 1992 годы он был президентом Союза кинематографистов Молдавии, а также преподавал в Кишиневском Институте Искусств.
Его творческий путь включал в себя и театральные работы, такие как спектакль «Весь ваш Антоша Чехонте» в МХАТе имени М. Горького.
Эмиль Лотяну скончался 18 апреля 2003 года в Москве. Его вклад в кинематограф отмечен не только наградами, но и уважением к его имени, в том числе и в улице, названной в его честь в Бельцах.