Сергей Васильевич Рогинский был призван в Красную Армию в феврале 1920 года и начал свою военную службу в 7-м запасном стрелковом полку Московского военного округа. Во время Гражданской войны он служил в составе 65-го стрелкового полка 8-й стрелковой дивизии, принимая участие в боях на Западном фронте против белополяков.
После окончания военно-инженерных курсов в августе 1921 года, Рогинский был направлен на Туркестанский фронт, где командовал взводом в 5-м инженерном батальоне. Затем он возглавил полуэскадрон в 8-й кавалерийской бригаде и командовал взводом в 13-м сапёрном батальоне, принимая участие в борьбе с басмачами.
В послевоенный период Рогинский служил в 14-й стрелковой дивизии Московского военного округа, занимая различные должности, включая командира учебного взвода и помощника командира отдельной сапёрной роты. После окончания Военно-инженерной академии РККА в мае 1934 года, он был назначен командиром отдельного батальона в 4-й отдельной механизированной бригаде Белорусского военного округа.
В августе 1939 года, после окончания Академии Генштаба РККА, Рогинский стал начальником 1-го отделения 9-го отдела в Генштабе РККА. С февраля 1940 года он возглавил 1-е отделение отдела укреплённых районов Генштаба РККА.
В начале Великой Отечественной войны, с июня 1941 года, Рогинский стал помощником начальника оперативного управления штаба Северо-Западного фронта. В июле того же года он возглавил 111-ю стрелковую дивизию 41-го стрелкового корпуса 11-й армии этого же фронта. Под его командованием дивизия принимала участие в обороне от Пскова к предполью лужской оборонительной полосы, а затем участвовала в операциях на Лужской оперативной группе.
В апреле 1942 года Рогинский был назначен командиром 6-го гвардейского стрелкового корпуса 8-й армии Группы войск волховского направления Ленинградского фронта. В августе и сентябре 1942 года этот корпус и его части действовали в Синявинской наступательной операции, нанося врагу существенные потери и сорвав его планы на продвижение на Ленинград.
В декабре 1942 года Рогинский стал заместителем командующего войсками 2-й ударной армии Волховского фронта, а в январе 1943 года участвовал в операции «Искра» для прорыва блокады Ленинграда. С марта того же года он командовал 54-й армией Волховского фронта, участвуя в ликвидации «Киришского выступа» и обороне противника.
В январе и феврале 1944 года части 54-й армии участвовали в Ленинградско-Новгородской наступательной операции, а затем в Псковско-Островской и Рижской наступательных операциях в составе 3-го Прибалтийского фронта. В феврале 1945 года Рогинский командовал 67-й армией Ленинградского фронта, оборонявшей и охранявшей побережье Рижского залива.
После войны генерал-лейтенант Сергей Васильевич Рогинский продолжал свою службу, занимая различные должности в военных учреждениях. Он был командующим 95-м стрелковым корпусом, начальником штаба 52-й армии, а также начальником штаба и первым заместителем командующего войсками Ленинградского военного округа.
В июле 1951 года, после окончания Военной академии им. К.Е. Ворошилова, он стал начальником штаба и первым заместителем начальника инженерных войск Советской Армии. С апреля 1954 года находился в отставке.
Был награжден орденом Ленина, двумя орденами Красного Знамени, орденами Кутузова 1-й степени, Богдана Хмельницкого 1-й степени, а также медалями.
Похоронен на Новодевичьем кладбище в Москве.
