Официально кладбище образовалось в 1771 году во время эпидемии чумы, когда умерших по приказу хоронили за городской чертой. Однако оно возникло на этом месте несколько лет ранее, в черте поселения государевых псарей.
Название кладбища произошло от названия села Ваганьково, но происхождение этого названия имеет несколько версий. По одной версии, слово «ваганить» в вологодском наречии означает «забавлять, играть, шутить, баловаться», что может связываться с проживанием придворных шутов, скоморохов и гусляров в Ваганьковской слободе. Другие версии связаны с урочищем или денежным налогом за взвешивание товара.
В XIV веке на месте современной Российской государственной библиотеки находилось дворцовое село Ваганьково, где жили царские потешники. Здесь проводились различные развлечения, включая кулачные бои и игры. В конце XIV века эти земли принадлежали князю Владимиру Андреевичу Храброму, а затем передали митрополиту Фотию. В XV веке на территории села располагался загородный дом княгини Софьи Витовтовны.
на Ваганьковском кладбище
Первое упоминание села Ваганьково относится к 1508 году. В конце XV века Иван III основал вблизи села Псаренный двор для разведения охотничьих собак. В 1631 году Государеву псарню перевели на место нынешнего кладбища.
С Ваганьковым связаны начало и конец правления Василия Шуйского. В конце XVI века Шуйский устроил в окрестностях села Ваганьково загородную вотчину и собрал войско для войны с поляками-интервентами во время появления Лжедмитрия I.
В 1885 году упразднили Камер-Коллежский вал, который служил таможенной границей Москвы, и за ним были выведены все «чумные» захоронения. К 1887 году кладбище расширилось до 37,5 гектаров. Изначально Ваганьково не считалось престижным, и дворяне предпочитали некрополи при монастырях, однако в XIX—XX веках это кладбище постепенно стало традиционным местом похорон для творческой интеллигенции, включая художников Василия Сурикова и Алексея Саврасова, а также учёного Климента Тимирязева и других.
В декабре 1905 года тысячи московских рабочих-дружинников в течение девяти дней сражались против царских войск, а центром восстания стала Пресня. Для штурма баррикад использовали Семёновский гвардейский полк из Петербурга, и восставших расстреливали из пушек. Большинство из убитых, в том числе работники Прохоровской мануфактуры, были похоронены в братской могиле на Тимирязевской аллее Ваганьково. В 1906 году кладбище официально вошло в черту города, а к 1917 году его площадь составила почти 50 гектаров.
В 1922 году по всей стране прошла кампания по изъятию церковных ценностей из храмов, и из Ваганьковского храма было изъято около 340 килограммов золота и серебра. В 1920—1930-х годах на нескольких кладбищах города, включая Ваганьковское, тайно хоронили расстрелянных по политическим приговорам. Несмотря на борьбу с религией, на Ваганьковском кладбище продолжались похороны по православному обряду, что отмечалось инспектирующими в 1940 году.
В 1941—1942 годах на кладбище появились два братских захоронения: участников битвы за Москву и погибших при авиационных бомбардировках города. С расширением территории Москвы к 1960 году в черте города стали значиться кладбища бывших подмосковных городов и посёлков, а Ваганьковское оказалось самым крупным из городских.
В 1771—1772 годах обустройство кладбищ поручили архитектору Василию Баженову, однако выделены были минимальные суммы. В 1771 году на территории кладбища была построена деревянная церковь Иоанна Милостивого, которая со временем обветшала. Впоследствии на её месте поставили часовню, а сейчас там находится ротонда.
Летом 1819-го началось строительство трёхпрестольной церкви в честь Воскресения Словущего по инициативе купцов Болотновых, которую возводили с 1819 по 1824 годы. В комплекс благоустройства некрополя входило также строительство храма, гостиницы, дорожки, въездных ворот и обновление вала вокруг кладбища. В 1839 году были построены новые здания на кладбище, включая каменную часовню и богадельню. В середине XIX века у церкви появились восточный и юго-западный флигели, а также ограда с воротами, и этот архитектурный комплекс сохранился до наших дней. В 1896 году храм был капитально отремонтирован.
В 1900—1902 годах полностью перестроили храм Святителя Николая на Трёх Горах. В 1916-м на месте часовни возвели церковь святого апостола Андрея Первозванного, которая действует до сих пор. В 1929-м церковь закрыли и вместо неё открыли детский дом. Главы храма и колокольню сломали. В 1977-м на месте ветхих церковных домиков возвели двухэтажный колумбарий.
В 1990 году здание детского дома забросили, в нём от старости обрушилась кровля. В 1991-м в каменном флигеле бывшей гостиницы, которая успела послужить зданием для церковно-приходской школы, оборудовали храм для крещения. В 1992-м началось восстановление из руин храма Святителя Николая на Трёх горах. Работы велись восемь лет и завершились 18 декабря 2000 года, когда храм был заново освящён.
