Федор Головин, родившийся в 1650 году, происходил из боярского рода Ховриных-Головиных и был сыном боярина Алексея Петровича Головина. Во время стрелецкого мятежа он увез юного Петра Алексеевича из Москвы в Троицкий монастырь. В 1676 году он был пожалован в должность стольника.
В период правления царевны Софьи, Головин привлек внимание первого министра Василия Голицына и был послан на Амур для урегулирования пограничного конфликта в районе Албазинского острога. В 1689 году он заключил Нерчинский договор, по которому Россия уступила Китаю реку Амур до притока Горбицы.
По возвращении из посольства, Головин был назначен Сибирским наместником и стал одним из ближайших помощников царя Петра I. Он активно участвовал в организации второго Азовского похода и был командиром авангарда галер в этом походе. За участие в нём он был награжден серебряной медалью и получил в награду село «Молодовское городище».
Умер по дороге в Киев, где находился царь. Только 7 месяцев спустя его останки были доставлены в семейную усыпальницу — Симонов монастырь. В 1930-е годы монастырский некрополь был уничтожен вместе с надгробием Фёдора Алексеевича, надпись на котором гласила:
Лета от сотворения мира 7214-го, а от Р.Х. 1706 года, Июля 30 дня, на память Святых Апостол Силы и Силуана, преставился Его Высокографское Превосходительство Федор Алексеевич Головин, Римского Государства Граф, Царского Величества Государственный Великий Канцлер и посольских дел верховный Президент, ближний боярин, морского флота Адмирал, наместник Сибирский и Кавалер чинов: Св. Апостола Андрея, Белаго Орла и “Генерозитеи”
Головин сыграл важную роль в создании русского флота и приглашал иностранцев на русскую службу. После Великого посольства он возглавил военный морской приказ, где также находилась и Навигацкая школа.
В 1699 году Петром Великим Головин был назначен генерал-адмиралом и стал первым кавалером ордена Святого Андрея Первозванного. Он также получил должность генерал-фельдмаршала петровской армии, но покинул армию перед битвой при Нарве.
Головин умер в 1706 году по дороге в Киев, где находился царь, и его останки позднее были перенесены в семейную усыпальницу в Симонов монастырь.