Казни стрельцов, участвовавших в бунте под руководством царевны Софьи Алексеевны, начались 10 октября 1698 года. Всего более тысячи стрельцов были казнены, около 600 подвергли пыткам, клеймению и сосланы, а пятерых стрельцов Петр I лично казнил, отрубив им головы.
Расследование и репрессии по делу стрелецкого бунта можно разделить на несколько этапов. Первая волна следствия и казней произошла незамедлительно в июне 1698 года в Воскресенском монастыре. После возвращения Петра I был вынесен указ о новой волне расследования по делу стрельцов. Допросы, пытки и казни продолжались в течение 1699 и 1700 годов.
По приказу Алексея Шеина, 22 и 28 июня были повешены 56 «пущих заводчиков» бунта, 2 июля 74 «беглеца» отправили в Москву, 140 человек были подвергнуты пыткам кнутом и сосланы, а 1 965 человек были заключены в тюрьмы по разным городам и монастырям.
По возвращении из-за границы 25 августа, Петр I был неудовлетворен результатами расследования, проведенного Алексеем Шеиным и Федором Ромодановским. Особенно царя раздражало быстрое казнение организаторов бунта. С конца сентября 1698 года более 1 700 оставшихся живыми стрельцов, участвовавших в бунте, были перевезены в Москву и размещены в окрестных селах и монастырях.
17 сентября 1698 года начались допросы и пытки стрельцов, участвовавших в бунте, организованном царевной Софьей Алексеевной. Они были подвергнуты мучительным допросам в 14 «застенках» в Преображенском монастыре. Допрашивали также жен и родственников стрельцов, а также служанок царевны Софьи. Сам Петр I участвовал в допросе Софьи, она была обвинена, но не признала своей вины, и компрометирующего письма не было найдено.
Царевну Софью Алексеевну заключили в Новодевичьем монастыре, где она умерла в 1704 году. Помещения, где жили Софья и Евдокия Лопухина (первая жена Петра I, также заключенная в монастыре), сохранились до наших дней.
Казни стрельцов в Москве начались 10 октября 1698 года. Более тысячи стрельцов были казнены, около 600 подверглись пыткам, клеймению и сосланы, а пятерым стрельцам Петр I отрубил головы лично. Тела казненных не убирали с места казни в течение пяти месяцев. Трупы трех стрельцов, повешенных у окон кельи царевны Софьи, держали в руках челобитные с надписью «против их повинки».
Петр I придал казни стрельцов устрашающую торжественность. Он приказал выводить осужденных в черных санях, обвитых черными лентами, с зажженными свечами в руках. Лошади и возницы также должны были быть в черном. Неясно, было ли это на самом деле, но так изобразил это художник Василий Суриков на своем полотне «Утро стрелецкой казни».
