Кладбище было создано в начале XX века из-за переполнения монастырского некрополя. Среди первых захороненных были:
- Председатель первой русской Думы Сергей Андреевич Муромцев (1850—1910).
- Художник Валентин Александрович Серов (1865—1911).
- Мария Александровна Гартунг (1832—1919), дочь А. С. Пушкина, прототип Анны Карениной.
До Октябрьской революции 1917 года на кладбище хоронили профессоров, чиновников, штаб-офицеров, в том числе участников Первой мировой войны. В 1904—1914 гг. строилась православная церковь преподобного Серафима Саровского и святой благоверной княгини Анны Кашинской по проекту З. И. Иванова.
В период перезахоронений в сталинскую эпоху с Донского кладбища на Новодевичье перенесены останки художника Серова и композитора С. И. Танеева, а затем и урна с прахом поэта В. Маяковского. В 1927 году на кладбище был установлен первый крематорий в Москве в недостроенной церкви.
В 1958 году был создан барельеф «Вечный круговорот» скульптором Эрнстом Неизвестным для закрытого колумбария. До 1973 года в этом крематории кремировали тела людей, выдающихся заслуги перед Советским государством. На территории кладбища также находится братская могила с более чем 15 000 ранеными великой Отечественной войны, а в 1960 году возле неё был установлен мемориал с вечным огнём.
Три братские могилы жертв репрессий 1930-х — 1950-х расположены на кладбище. На перекрёстке дорожек была установлена стела в память о жертвах репрессий. Кремации проводились до начала 1980-х, после чего здание было восстановлено в церковь. На кладбище много скульптурных памятников, созданных известными художниками.
На территории нового Донского кладбища в могиле № 1 похоронены многие выдающиеся деятели, такие как В. К. Блюхер, А. И. Егоров, М. Н. Тухачевский, И. Э. Якир и другие. В могиле № 3, согласно неподтверждённой информации, может быть похоронено много деятелей белого движения.
Кладбище также представляет собой значимое место с историческими памятниками и могилами жертв репрессий.
