Государственный гидрологический институт был создан в октябре 1919 года как центральное научное учреждение для всестороннего изучения природных вод.
В 1915-1917 годы, по инициативе академика В.И. Вернадского была образована Комиссия по изучению естественных производительных сил России (КЕПС). После революции КЕПС при Академии наук СССР продолжала работу, и имела в своем составе Гидрологический отдел.
По решению Совета при Академии наук в 1918 г. был учрежден Комитет по делам РГИ, который возглавил Президент Академии А.П. Карпинский. Решение об учреждении Российского гидрологического института было принято Народным комиссариатом просвещения 19 июня 1919 года. Фактически, планомерная работа началась с 7 октября 1919 года после утверждения «Положения об институте». Эта дата и была принята в дальнейшем за день основания Института.
Под руководством первого директора института Глушкова В.Г. были сформулированы основные задачи института: «всестороннее изучение вод, разработка программ и методов гидрологических исследований и теоретических вопросов гидрологии, сбор и систематизация данных о водах страны с целью обеспечения народного хозяйства».
Всю подготовительную работу по созданию Российского гидрологического института выполнял Оргкомитет под председательством действительного члена ВАСХНИЛ Виктора Григорьевича Глушкова. В состав комитета вошли академики: В.И. Вернадский, Г.М. Кржижановский, М.А. Рыкачёв, Ю.М. Шокальский; видные ученые-гидрологи В.Н. Лебедев, С.А. Советов; гидравлики А.А. Саткевич, Н.Н. Павловский; океанологи Н.М. Книпович, К.М. Дерюгин, И.Б. Шпиндлер; лимнологи и гидробиологи Л.С. Берг, Г.Ю. Верещагин (секретарь Оргкомитета), гидрометеоролог А.А. Каминский; гидротехники В.Е. Ляхницкий, В.Е. Тимонов; директор Горного института Д.И. Мушкетов; И.Д. Мордухай-Болтовской и др.
В 1926 году Институт был преобразован в общесоюзный Государственный гидрологический институт (ГГИ).
До 1930 года Институт находился в ведении Наркомпроса, а после образования Гидрометеорологического комитета при СНК СССР, был передан в его ведение и одновременно утвержден в качестве учреждения всесоюзного значения.
В 1935 г. на пост директора был назначен Иван Васильевич Янковский (крупный военный деятель времен гражданской войны, геолог по образованию), а затем (1937-1941 годы) директором был выпускник Московского гидрометеорологического института МГМИ Алексей Сергеевич Смирнов.
В 1942 году институт возглавил выпускник МГМИ Валериан Андреевич Урываев. Талантливый ученый-организатор, он руководил ГГИ более четверти века (до 1968 г.). В. А. Урываев — кандидат технических наук, отдавший всю свою жизнь изучению поверхностных вод суши и водных ресурсов России. В. А. Урываев смог организовать множество экспедиций, создал экспериментальные базы в г. Валдае и п. Ильичеве — это лучший памятник ему на века. Он был исключительно целеустремленным в постановке и решении научных и практических задач.
В 1968 г., после смерти В. А. Урываева, его сменил на посту директора Алексей Александрович Соколов — доктор географических наук, профессор, заслуженный деятель науки и техники РСФСР, лауреат Государственной премии СССР.
После ухода А. А. Соколова на заслуженный отдых, в 1981 году директором стал Игорь Алексеевич Шикломанов, он успешно продолжил исследования, начатые его предшественниками.
И. А. Шикломанов — заслуженный деятель науки РФ, доктор географических наук, профессор; академик РАЕН (1991); единственный из российских учёных–гидрологов, удостоен престижных международных наград – «За выдающиеся успехи в области гидрологии и международное сотрудничество»(2001г.), учреждённой ЮНЕСКО, ВМО и МАГН и «За успехи в исследованиях окружающей среды» им. профессора Тейлора (2006г). И. А. Шикломанов был награждён орденами «Знак Почёта» (1981г.), «Дружбы Народов» (1986г.) и «За заслуги перед Отечеством» IV степени (2010г.). 22.08.2010г. И. А. Шикломанов скоропостижно скончался, после непродолжительной болезни.
