В мае 1536 года в Новгороде отлит колокол для новгородского Софийского собора.
Старейшее из сохранившихся строений для размещения колоколов, Софийская звонница в кремле Великого Новгорода, официально датируется 1439-м годом. Однако летопись свидетельствует, что это только дата восстановления предыдущей, упавшей вместе с подмытыми крепостными стенами во время разлива реки Волхов. Таким образом, Софийская звонница могла быть построена и вместе с Софийским собором, освященным в 1050 году, и в промежутке в 400 лет.
В 1439 году архиепископ Ефимий II поставил заново «колокольницу каменную на старом месте, на городе».
Звонница 1439 года имела в плане те же размеры, что и ныне, но была значительно ниже и имела в верхней части четыре столба и три пролета для развески колоколов. Западная пристройка появилась позднее. Восточная пристройка – три сводчатые камеры между звонницей и кремлёвской стеной, возможно, сооружена в конце XV века одновременно с возведением новых кремлёвских стен.
В 1530-1540-х годах в связи с перестройкой кремля и развитием колоколо-литейного дела звонница подверглась реконструкции. Её сделали выше, количество столбов увеличили до шести, количество пролетов для колоколов – до пяти. Над каждым пролетом был сооружен восьмигранный кирпичный шатер. Западный и восточный фасады получили декоративные украшения.
Во второй половине XVII века на звоннице были проведены несколько ремонтов и перестроек. Для установки больших колоколов растесаны столбы-опоры; западная пристройка стала двухэтажной, появилось каменное крыльцо; фасады украсили новые декоративные элементы, в том числе, изразцы; шатры завершения были переделаны на высокие щипцы-фронтоны, увенчанные главками или крестами; с южной стороны был пристроен дом для звонарей.
В первой половине – середине XVIII века звонница обрела завершение в виде бочки с одной главой.
В годы II мировой войны памятник получил серьёзные повреждения. Противоаварийные работы с частичной реставрацией проведены в 1945-1949 годах по проекту архитектора Ю. В. Крушельницкого. В 2000-2001 годах каменное крыльцо XVII века из-за плохого технического состояния разобрано и возведено заново в первоначальных формах, осуществлена вычинка и реставрация западной стены (архитекторы В. А. Дружинин, И. В. Богуцкая).
В 1992 году сессией Генеральной ассамблеи ЮНЕСКО Софийская звонница включена в Список всемирного культурного наследия.
В 1998 году в составе Новгородского государственного объединенного музея-заповедника звонница отнесена к числу особо ценных объектов культурного наследия народов Российской Федерации
Софийская звонница в наши дни оборудована колоколами современного литья, древнее мастерство литейщиков успешно восстановлено. На территории Детинца, рядом со звонницей и на втором этаже здания, работает выставка древних колоколов, некоторые из них пережили боевые условия последней войны. Просматриваются пробоины от снарядных осколков либо пуль крупнокалиберных пулеметов, есть трещины и сколы.
Софийская звонница является крайне редкой архитектурной формой, использование таких строений прекратилось с появлением башенных вариантов.
