В Москву вернулся митрополит Исидор (грек по происхождению), подписавший летом 1439 года во Флоренции унию об объединении православной и католической церквей под властью папы римского. По приказу великого московского князя Василия II митрополит был арестован, осуждён церковным судом и посажен в тюрьму. После смерти митрополита Фотия в 1431 г. Москва пыталась провести своим кандидатом рязанского епископа Иону, однако, назначен был смоленский епископ Герасим, который в Москву не поехал, а находился в Литве. Тогда в Москве своим митрополитом поставили Иону, но патриарх в Константинополе его не признал, а Герасима, сначала поставленного только в Русскую землю, нарекли «Всея Руси». Однако жизнь Герасима закончилась трагически 26 июня 1435 г. его сожгли по приказу Свидригайло. Следующим митрополитом Константинополь назначил грека Исидора.
2 апреля 1437 г. Исидор приехал в Москву. Вскоре после прибытия в Москву Исидор уехал в Италию, где с августа 1438 по июль 1439 гг. проходил церковный собор. Сначала заседания шли в Ферраре, а были переведены римским папой Евгением IV во Флоренцию. Отсюда собор получил название Ферраро-Флорентийского.
Итогом этого собора стала церковная уния, акт о которой был подписан 5 июля 1439 г. Унию поддержал и Исидор. Уния предполагала включение православных под покровительство римского папы. Византийская империя находилась в это время на грани гибели и отчаянно искала помощи в борьбе с турками-османами, и Флорентийская уния была последней надеждой Византии. На Руси союз с Западом не поддержали. Кроме того, церковная уния приобрела также и политическое значение – для православных жителей Великого Княжества Литовского это означало дальнейшее наступление на их права, а для Москвы – зависимость от западных соседей. Поэтому Москва избрала для себя путь сохранения православия.
19 марта 1441 года приехал в Москву и передал Василию II послание Евгения IV, содержавшее просьбу помогать митрополиту в воссоединении Католической и Русской церквей. Во время архиерейского богослужения в Успенском соборе митрополит помянул предстоятелей в соответствии с порядком церковной пентархии — папу Римского Евгения, патриарха Константинопольского Митрофана, папу Александрийского Филофея, патриархов Антиохийского Дорофея и Иерусалимского Иоакима. Затем Исидор прочёл с амвона Соборное определение Ферраро-Флорентийского собора. Через три дня был взят под стражу по указу великого князя и заключён в Чудов монастырь. Осуждён на Соборе русского духовенства, при этом отказался от покаяния и отречения от унии. В сентябре 1441 года, очевидно с ведома Василия II, бежал в Тверь, в начале 1442 года прибыл в Литву, к 22 марта 1443 года перебрался в Буду, где 23 марта молодой король Польши и Венгрии Владислав III Варненьчик издал привилей с подтверждением равенства прав и свобод православных и католических церквей в королевских владениях.
В конце 1445 года Исидор был в Риме, 22 декабря уехал в Византию, в мае — октябре 1446 года находился в Константинополе, где, будучи митрополитом Киевским и всея Руси, поставил Даниила во епископа Владимирского. 12 февраля 1448 года вернулся в Рим. В течение года (1450—1451) управлял всей собственностью, сборами, средствами и доходами Священной коллегии кардиналов. В мае 1452 года как легат папы Николая V отбыл в Константинополь. Во главе отряда в 200 солдат в ноябре прибыл в окружённый турками город, 12 декабря в соборе Святой Софии напомнил о союзе Римско-католической и Православной церквей. В мае 1453 года участвовал в обороне Константинополя, был пленён, но избежал смерти, так как султану были представлены останки чужого трупа в кардинальском облачении. Оставаясь неопознанным, был отправлен в Малую Азию со многими незначащими заключёнными. Смог бежать, достиг Пелопоннеса, в ноябре 1454 года прибыл в Венецию, затем в Рим. В 1455 году участвовал в выборах папы римского. В мае 1456-го стал архиепископом Никосии на Кипре. 20 апреля 1458 года получил титулярный сан патриарха Константинопольского. В августе 1458-го снова участвовал в выборах папы римского, а в октябре передал власть над митрополией Киевской и всея Руси своему ученику Григорию (Болгарину), впоследствии отрекшемуся от унии и вернувшемуся в подчинение патриарху Константинопольскому. 8 октября 1461 года стал деканом Священной коллегии кардиналов. Умер Исидор в Риме 27 апреля 1463 года, похоронен в соборе Святого Петра.
