1 июля 1940 года был вновь создан Дальневосточный фронт, что свидетельствовало о возможном начале войны между СССР и Японией. Однако напряженная обстановка на западных границах заставила Советский Союз искать компромисс с Японией. Япония, в свою очередь, сталкиваясь с выбором между агрессией против СССР и против США с Великобританией, все больше склонялась к последнему варианту и стремилась обезопасить себя от Советского Союза.
Управление фронтом было организовано на базе Читинской группы войск, с подчинением ему 1-й и 2-й Отдельных Краснознаменных армий, 15-й армии и Северной армейской группы. В состав фронта также входили Тихоокеанский флот и Краснознаменная Амурская флотилия. Штаб-квартира фронта располагалась в Хабаровске.
В июне 1941 года в состав фронта также были включены вновь созданные 25-я и 35-я армии. В августе 1942 года на базе ВВС общевойсковых армий были сформированы 9-я, 10-я и 11-я воздушные армии (последняя в декабре 1944 года преобразована в 18-й авиационный корпус). В июле 1943 года на базе Особого стрелкового корпуса (Сахалин) была создана 16-я армия.
Командующие
- Генерал-полковник, с 22 февраля 1941 — Генерал армии Апанасенко Иосиф Родионович (14 января 1941 — 25 апреля 1943);
- Генерал-полковник, с 26 октября 1944 — Генерал армии Пуркаев Максим Алексеевич (25 апреля 1943 — 5 августа 1945).
Члены Военного совета
- Корпусной комиссар Желтов Алексей Сергеевич (24 февраля — 15 августа 1941);
- Дивизионный комиссар, с 9 декабря 1941 — Корпусной комиссар, с 6 декабря 1942 — Генерал-майор, с 19 января 1944 — Генерал-лейтенант Яковлев Фома Павлович (15 августа 1941 — 5 августа 1945);
- Генерал-лейтенант Леонов Дмитрий Сергеевич (13 мая — 5 августа 1945);
- Генерал-майор Кудрявцев Василий Николаевич (9 июля — 5 августа 1945).
Начальник политического управления
- Дивизионный комиссар Яковлев Фома Павлович (7 июля 1940 — 15 августа 1941);
- Дивизионный комиссар, с 6 декабря 1942 — Генерал-майор Лукашин Пётр Тимофеевич (22 августа 1941 — 5 августа 1945).
Начальники штаба
- Генерал-лейтенант, с 12 октября 1941 — Генерал-полковник Смородинов Иван Васильевич (14 января 1941 — 18 августа 1943);
- Генерал-майор, с 13 сентября 1944 — Генерал-лейтенант Шевченко Фёдор Иванович (18 августа 1943 — 5 августа 1945).
Командующий БТ и МВ
- Полковник Другов П. И. (3 июня — 26 августа 1941);
- Полковник Линёв А. А. (4 сентября 1941 — 26 января 1942);
- Генерал-майор танковых войск Антонов Г. Я. (12 октября 1942 — 7 июня 1943);
- Полковник Зябрев Павел Сергеевич (29 июня — 1 июля 1943);
- Подполковник Демехин М. Г. (1 июля — 27 ноября 1943);
- Генерал-майор танковых войск Радкевич Николай Николаевич (15 декабря 1943 — 5 августа 1945).
- с 20.04.1945 заместитель командующего БТ и МВ генерал-майор танковых войск Коротков, Виктор Васильевич.
Командующие ВВС
- Генерал-лейтенант авиации Гусев Константин Михайлович (декабрь 1940 — 17 июля 1941);
- Генерал-полковник авиации Жигарев Павел Фёдорович (26 апреля — 15 августа 1942).