Чеченский конфликт в его современном виде, как борьба вокруг вопроса о независимости Чечни или сохранении ее в составе России, зародился, как почти все иные национальные конфликты на территории СССР, во второй половине 1980-х годов, с началом перестройки.
События 1980-х и начала 1990-х годов характеризовались большим количеством жертв среди населения, военных и правоохранительных органов, массовым геноцидом русских со стороны участников сепаратистских бандформирований.
В начале 1991 года чечено-ингушское руководство отказалось проводить на своей территории референдум о целостности СССР, инициированный Михаилом Горбачевым. Это было еще задолго до появления генерала Дудаева на политической сцене, когда республикой руководил Доку Завгаев.
Отказ мотивировался тем, что Северная Осетия отказывалась вернуть ингушам Пригородный район — территорию, на которой ингуши проживали в бывших казачьих станицах после уничтожения казачества вплоть до депортации 1944 года и которая была после 1944 передана в состав Северной Осетии, хотя первоначально эти земли принадлежали ингушам. Таким образом сознательно и целенаправленно осуществлялась дестабилизация обстановки, взращивались экстремистские настроения и их лидеры.
По инициативе Джохара Дудаева 8 июня 1991 года в Грозном собралась часть делегатов Первого чеченского национального съезда, которая провозгласила себя Общенациональным конгрессом чеченского народа ОКЧН. Вслед за этим была провозглашена Чеченская Республика, а руководители Верховного Совета республики были объявлены «узурпаторами». В июле того же года второй съезд ОКЧН заявляет, что Чеченская Республика не входит в состав РСФСР и СССР.
В городе Грозный 6 сентября 1991 года был совершен вооруженный переворот — Верховный Совет ЧИАССР был разогнан членами бандформирований, созданных Исполкомом Общенационального конгресса чеченского народа. Более 40 депутатов парламента были избиты, а председателя горсовета Грозного Виталия Куценко сепаратисты выбросили из окна, а потом добили в больнице. Доку Завгаев ушел в отставку с поста председателя Верхового Совета автономной республики под давлением митингующих.
В качестве предлога было использовано то, что 19 августа 1991 года Верховный Совет Чечено-Ингушетии, в отличие от российского руководства, якобы поддержал действия ГКЧП, чего не нашло подтверждения в расследовании комиссии Госдумы по исследованию причин и обстоятельств возникновения кризисной ситуации в Чечне во главе со Станиславом Говорухиным.
В Чеченской Республике 27 октября 1991 года под контролем сепаратистов прошли выборы президента и парламента, президентом республики стал Джохар Дудаев. Противники Дудаева заявили о фальсификации результатов выборов. Пятым съездом народных депутатов РСФСР эти выборы были признаны незаконными.
Указ президента РСФСР о введении чрезвычайного положения на территории Чечено-Ингушетии был издан 7 ноября 1991 года. После опубликования президентского указа о введении чрезвычайного положения, сторонники сепаратистов окружили здания МВД и КГБ ЧИАССР, военные городки, блокировали железнодорожные и авиаузлы. В итоге введение режима ЧП было сорвано, 11 ноября указ «О введении чрезвычайного положения в Чечено-Ингушской республике» после горячей дискуссии на заседании не был утвержден российским парламентом.
Джохар Дудаев заявил, что Чечня сядет за стол переговоров с российским руководством только в том случае, если Москва признает ее независимость. Парламент Ичкерии 12 марта 1992 года принял конституцию республики, объявив Чеченскую Республику «суверенным демократическим правовым государством, созданным в результате самоопределения чеченского народа».
В июне 1992 года из Чечни были выведены все российские войска. Начальник Грозненского гарнизона генерал Петр Соколов по указанию главнокомандующего Объединенными вооруженными силами СНГ маршала Евгения Шапошникова и министра обороны России Павла Грачева оставил в Грозном практически все вооружение, в том числе танки, бронетехнику, артиллерийские системы, автоматическое оружие, патроны и снаряды.
В результате Чечня стала фактически независимым, но юридически не признанным ни одной страной мира, включая Россию, государством. Республика имела государственную символику — флаг, герб и гимн, органы власти — президента, парламент, правительство, светские суды. Предполагалось создание Вооруженных сил, а также введение собственной государственной валюты — нахара. В конституции, ЧРИ характеризовалась как «независимое светское государство», ее правительство отказалось подписывать федеративный договор с Российской Федерацией.
В действительности, государственная система Чеченской Республики оказалась крайне неэффективной и в период 1991-1994 годов стремительно криминализировалась. В 1992-1993 годах на территории Чечни было совершено свыше 600 умышленных убийств. За период 1993 года на Грозненском отделении Северо-Кавказской железной дороги подверглись вооруженному нападению 559 поездов с полным или частичным разграблением около 4 тысяч вагонов и контейнеров на сумму 11,5 миллиардов рублей.
За 8 месяцев 1994 года было совершено 120 вооруженных нападений, в результате которых разграблено 1 156 вагонов и 527 контейнеров. Убытки составили более 11 миллиардов рублей. В 1992-1994 году в результате вооруженных нападений погибло 26 железнодорожников. Сложившаяся ситуация вынудила правительство России принять решение о прекращении движения по территории Чечни с октября 1994 года.
