Иван Черняховский родился 29 июня 1907 года в селе Оксанино, Украина. Во время Гражданской войны лишился родителей. В 1919 году он окончил 5 классов начального железнодорожного училища и оставил учебу. Затем до осени пас коров односельчан, а с октября беспризорничал. С мая 1920 года трудился ремонтным рабочим и подручным слесаря на станции Вапнярка. В 1922 году стал проводником железнодорожных грузов в государственной заготовительной конторе. С апреля 1923 года работал станковым бондарем и шофером цементного завода «Пролетарий» в Новороссийске.
В августе 1924 года Черняховский вступил добровольцем в Красную Армию. В этот период являлся курсантом Одесской пехотной школы. В 1925 году переведен в Киевскую артиллерийскую школу. С 1928 года служил в 17-м корпусном артиллерийском полку в Украинском военном округе. Прошел путь от командира учебного взвода до командира учебной батареи. В 1931 году поступил в Военно-техническую академию имени Дзержинского в Ленинграде. В 1932 году вместе с факультетом механизации и моторизации, на котором учился, переведен в Военную академию механизации и моторизации РККА. Окончил академию с отличием в 1936 году в звании старшего лейтенанта.
После окончания академии Иван Черняховский занимал должность начальника штаба 2-го танкового батальона 8-й механизированной бригады. Затем стал командиром 1-го танкового батальона там же. В 1938 году присвоено звание майора. В этом же году назначен командиром 9-го отдельного легкого танкового полка в Белорусском Особом военном округе. В 1940 году являлся командиром танковой бригады в Белоруссии, в том же году назначен заместителем командира 2-й танковой дивизии Прибалтийского особого военного округа. Позднее стал командиром 28-й танковой дивизии 12-го механизированного корпуса в Прибалтике. Получил звание подполковника.
В Великую Отечественную войну Иван Данилович командовал 28-й танковой дивизией. Участвовал в оборонительных боях юго-западнее Шяуляя, на Западной Двине, под Сольцами и Новгородом. В первые месяцы войны ему присвоено воинское звание полковник. С июля 1942 года являлся командующим 60-й армией, которая приняла участие в Воронежско-Касторненской операции, Курской битве, форсировании рек Десна и Днепр, в Киевской, Житомирско-Бердичевской, Ровно-Луцкой, Проскуровско-Черновицкой операциях.
Указом Президиума Верховного Совета СССР за высокие организаторские способности при форсировании Днепра и проявленный личный героизм генерал-лейтенанту Черняховскому Ивану Даниловичу присвоено звание Героя Советского Союза. За операцию по освобождению города Воронежа представлен к ордену Красного Знамени.
С апреля 1944 года Черняховский командовал войсками 3-го Белорусского фронта. Фронт под его командованием успешно участвовал в Белорусской, Вильнюсской, Каунасской, Мемельской, Гумбиннен-Гольдапской и Восточно-Прусской операциях. В июле получил вторую медаль «Золотая Звезда».
Генерал армии Иван Данилович Черняховский тяжело ранен осколками артиллерийского снаряда 18 февраля 1945 года на окраине города Мельзак в Восточной Пруссии и в тот же день скончался. Похоронен в Вильнюсе на одной из центральных площадей. В 1992 году прах дважды Героя Советского Союза Черняховского перезахоронен в Москве на Новодевичьем кладбище.
