Мария Пахоменко родилась 25 марта 1937 года в Ленинграде. В семье родителей, Дарьи Михайловны и Леонида Антоновича, было четверо детей: Иван, Мария, Людмила и Галина. Её родители были родом из деревни Лютня Краснопольского района Белорусской ССР (ныне Могилёвская область Белоруссии).
Мария не получила музыкального образования, но обладала удивительным вокалом и музыкальностью. Она закончила машиностроительный техникум при Кировском заводе и работала на заводе «Красный Треугольник». Её музыкальная карьера началась с участия в женском квартете под руководством Валентина Акульшина в Дворце культуры имени Ленсовета. Пахоменко была единственной самоучкой в составе квартета.
В 1963 году Мария Пахоменко дебютировала на радио с песней «Качает, качает». С этого момента начался её путь к успеху. Она стала солисткой Ленинградского эстрадного оркестра и продолжала завоевывать славу. В 1964 году её песня «Опять плывут куда-то корабли» заняла первое место на радиостанции «Юность», а в 1968 году она выиграла Международный конкурс «МИДЕМ» в Каннах.
Мария Пахоменко была одной из самых популярных звёзд советской эстрады 1960—1980-х годов. Она выступала не только в СССР, но и за рубежом, привлекая внимание своим уникальным стилем исполнения, сочетающим эстрадное пение с народными интонациями. Её творчество оставалось востребованным и после распада Советского Союза.
Мария Пахоменко была удостоена множества наград и званий, включая звание заслуженной артистки РСФСР и народной артистки Российской Федерации.
Она скончалась 8 марта 2013 года на 76-м году жизни после борьбы с пневмонией и страдания от болезни Альцгеймера. Могила певицы украшена памятником, установленным в 2014 году её дочерью на Комаровском кладбище в Санкт-Петербурге.
Светлая память певице с неповторимым голосом Марии Пахоменко. Помним и любим.