13 октября 1827 года было учреждено Управление генерал-гидрографа, которое положило начало гидрографической службе российского военного флота. Первым генерал-гидрографом назначен вице-адмирал Гавриил Андреевич Сарычев.
Значительные географические открытия были совершены русскими моряками задолго до создания регулярного военного флота в 1696 году. Однако именно при императоре Петре I, основателе Российского флота, стало очевидным, что детальные исследования и описания морей, рек и озер имеют государственное значение. С начала XVIII века начались систематические гидрографические исследования на Балтийском и Каспийском морях, а также издавались морские карты, которые стали неотъемлемой частью деятельности как флота, так и других государственных институтов.
В 1837 году Управление генерал-гидрографа было преобразовано в Гидрографический департамент, а в 1885 году на его основе было создано Главное гидрографическое управление при Морском министерстве. В настоящее время в России ответственность за обеспечение навигационной безопасности общего мореплавания лежит на Главном управлении навигации и океанографии Министерства обороны России.
В сфере обороны это учреждение следит за поддержанием систем навигационно-гидрографического и гидрометеорологического обеспечения ВМФ. Традиционно Главное управление находится в Санкт-Петербурге.
