Никон был одним из первых сподвижников преподобного Антония Печерского, основателя Киево-Печерского монастыря. Он присоединился к монастырю не позднее 1058 года, уже будучи иереем и монахом. В обители он осуществлял пострижение всех новоприходящих иноков, включая будущего святого Феодосия Печерского, и на этом этапе своей жизни фактически возглавлял монашество Киевской Руси.
В начале 1060-х годов произошло пострижение в монахи великокняжеского придворного Ефрема и сына боярина Варлаама. Это вызвало сильное негодование великого князя киевского Изяслава. Конфликт завершился разгромом монашеской обители воинами княжеского боярина Иоанна, отца Варлаама.
После конфликта в 1061 году Никон и другой чернец из монастыря святого Мины, ранее боярин, ушли из Киево-Печерского монастыря, чтобы обосноваться отдельно. Они отправились вниз по реке Днепр к берегу Черного моря, где разлучились: боярин направился на остров в сторону Константинополя, а Никон — на «остров Тмутороканский», где нашел «свободное место вблизи города» и основал свой монастырь. Летописцы отмечают, что он почитал Киево-Печерский монастырь как образец.
В ходе борьбы за Тмутаракань между князем Глебом, сыном Святослава Ярославича, и Ростиславом, сыном Владимира Ярославича, Никон поддержал последнего и приблизился к воеводе Вышатой, сыну Остромира. Однако в феврале 1067 года Ростислава отравил византийский наместник из Херсонеса.
В 1067 году Никон отправился к Святославу с поручением жителей Тмутаракани найти нового князя для города после смерти Ростислава. В пути он посетил Киево-Печерский монастырь, где игуменом теперь был Феодосий. Тот упросил Никона вернуться, но Никон продолжил свой путь до Тмутаракани. Там он уладил монастырские дела и вернулся в монастырь в 1068 году.
После возвращения Никон подчинился Феодосию и был избран игуменом Печерского монастыря в 1078 году. В этой роли он стремился продолжить дело Феодосия и руководил братией с соблюдением строгости. Но это время также характеризовалось конфликтами среди монахов, которые начались при Феодосии и Стефане. В хрониках упоминаются даже случаи физического насилия со стороны Никона над некоторыми монахами, которые не подчинялись его велениям. Однако он также нашел поддержку среди братии и считался старейшиной.
Под руководством Никона в 1083 году великая Печерская церковь была украшена иконами и мозаикой, созданными византийскими мастерами, а также начал работу первый известный русский иконописец Алипий Печерский.
