Столкновения с русскими на северной границе Маньчжурии начинаются с русско-китайской войны 1658 года, в ходе которой русские также впервые встретились с корейцами.
Итогом военного противостояния стал подписанный в 1689 году Нерчинский договор, по которому русско-китайской границей сделали реки Амур, Аргунь и Горбица.
Слухи о богатых месторождениях золота в 1883 году вызвали стихийное образование на берегах реки Желта, притоке Албазихи, бассейн Амур, так называемой Желтугинской республики, располагавшейся на территории Китая. Желтугинская республика была ликвидирована китайскими войсками зимой 1885—1886 годов.
В ходе японско-китайской войны (1894—1895) часть Маньчжурии была занята японцами, но по Симоносекскому договору возвращена Китаю.
Ослабление цинского правительства привело к усилению русского влияния в Маньчжурии, которая постепенно была включена в сферу русских коммерческих и политических интересов. Во многом это было связано с заключенным в 1896 году, после разгрома войск Цинской империи в японско-китайской войне, союзническим договором.
С 1896 года по кратчайшему на Владивосток маршруту через Харбин была построена китайско-восточная железная дорога (КВЖД). Видную роль в изучении Маньчжурии и строительстве дороги сыграл Н. С. Свиягин.
В 1898 году по Русско-китайской конвенции Россия арендовала у Китая Ляодунский полуостров с прилегающими островами, укрепила Порт-Артур и построила коммерческий порт Дальний, которые были соединены железной дорогой с восточно-китайской линией на Владивосток.
В 1900 года вследствие восстания боксёров район КВЖД в Маньчжурии был занят русскими войсками.
В 1903 году Россия учредила в Порт-Артуре Наместничество Дальнего Востока, и российское правительство рассматривало проект закрепления Маньчжурии как «Желтороссии», основой которой должны были стать учреждённая в 1899 году Квантунская область, полоса отчуждения КВЖД, формирование нового казачьего войска и заселение русскими колонистами.
Притязания Японии на Маньчжурию и Корею и отказ Российской империи вывести русские войска в нарушение союзнического договора из Маньчжурии и Кореи повлекли за собой русско-японскую войну 1904—1905, театром военных действий которой была вся южная Маньчжурия до Мукдена.
По Портсмутскому миру Ляодунский полуостров c Квантунской областью и русская железная дорога (ЮМЖД) от Куанченцзы (Чанчунь) до Порт-Артура отошли к Японии. В период между 1905 и 1925 годами, Япония ещё более усилила своё влияние во Внутренней Маньчжурии, опираясь на экономические рычаги.[9] Позже Япония не допустила установления китайского контроля над Маньчжурией, оккупировала её и создала там прояпонское государство Маньчжоу-го.
