Указом Президиума Верховного Совета СССР от 20 июля 1941 года Наркомат внутренних дел и Наркомат государственной безопасности были объединены в единый НКВД СССР. Таково было требование военного времени. Руководить объединенным наркоматом было поручено Лаврентию Берия, до этого возглавлявшего Наркомат внутренних дел.
Напомним, до начала 1941 года НКВД СССР уже совмещал в себе все функции по обеспечению государственной безопасности. Однако в феврале наркомат был реформирован — его разделили на НКВД СССР и НКГБ СССР. После начала войны Совет Народных Комиссаров СССР принял решение вновь объединить эти наркоматы, и 20 июля вновь было воссоздан единый НКВД, структура которого заметно отличалась от довоенной. Главой НКВД СССР стал Генеральный комиссар государственной безопасности Лаврентий Павлович Берия. Бывший нарком госбезопасности СССР Всеволод Меркулов назначен его первым заместителем.
В сфере ответственности НКВД находились коммунальное хозяйство и строительство, другие отрасли промышленности, а также политический сыск и право вынесения приговоров во внесудебном порядке, система исполнения наказаний, внешняя разведка, пограничные войска, контрразведка в армии. В военные годы деятельность органов государственной безопасности была сосредоточена на борьбе с немецкой разведкой в прифронтовой полосе, выявлении и ликвидации агентов противника в тыловых районах, разведке и диверсиях в тылу противника.
Особая страница в военной истории НКВД — участие частей Наркомата внутренних дел в Великой Отечественной войне. Подразделения НКВД показали героизм и стойкость во всех тяжелейших сражениях войны: в обороне Брестской крепости, Риги, Таллина, Могилева, Ленинграда, Киева, Одессы, Тулы, в Московской и Сталинградской битвах, в битвах на Кавказе и на Курской дуге. Всего в боях участвовали воинские части 53-х дивизий и 20-ти отдельных бригад войск НКВД.
До последнего патрона сражались бойцы расположенного в Брестской крепости 132-го отдельного батальона войск НКВД.
В боях за Ленинград отличились пять дивизий и две бригады войск НКВД. Так, 21-я стрелковая дивизия войск НКВД полковника Папченко защищала южные подступы к городу и в последующем, благодаря мужеству воинов дивизии, стала 109-й Краснознаменной Ленинградской. 1-я стрелковая дивизия полковника Донского за особые отличия стала 46-й Лужской ордена Суворова 2 степени. 20-я стрелковая дивизия полковника Иванова действовала на знаменитом «Невском пятачке», потеряла более половины личного состава, но не отступила.
В обороне Москвы участвовали четыре дивизии, две бригады, ряд отдельных воинских частей и три бронепоезда войск НКВД. В этот период отличились 2-й полк, отдельный танковый батальон, артбатарея, другие подразделения ОМСДОН имени Дзержинского, 156-й полк по охране оружейного завода в Туле, ставший Краснознаменным.
Гарнизоны 9-й и 10-й дивизий войск НКВД по охране железнодорожных сооружений, охранявшие транспортные коммуникации на территории Украины, даже в окружении — в глубоком тылу противника длительное время продолжали до последнего солдата оборонять объекты. Более 70 процентов солдат и офицеров этих соединений оказались пропавшими без вести, но до конца выполнили свой долг.