Западное укрепление Петропавловской крепости заложила императрица Анна Иоанновна 1 июля 1733 года в честь царя Алексея Михайловича. Вспомогательное сооружение треугольной формы перед крепостным водным рвом служило для прикрытия Васильевской куртины и ее ворот. Изначально равелин имел исключительно фортификационное назначение – на нем устроили аппарели для подъема орудий и боеприпасов, сделали несколько воротных проездов, а в 1780-х годах облицевали его гранитными плитами.
История Алексеевского равелина неразрывно связана с историей Трубецкого бастиона – потайной тюрьмы для государственных преступников. Заложенный 1 июля 1733 года, равелин более ста лет служил местом заключения для «особых» арестантов, среди которых был и сын основателя Петербурга императора Петра Великого.
Завершение постройки равелина в 1740 году совпало со смертью Анны Иоанновны, и дальнейшей судьбой здания распоряжались уже ее преемники. В правление Елизаветы Петровны эта часть крепости осталась без особого внимания, а при Екатерине Великой в 1769 году на территории равелина устроили деревянную тюрьму. Недаром позже ее стали именовать «Секретным домом» — сведений о ней было так мало, что первые воспоминания заключенных стали доступны только в начале XX века.
Здесь не держали мелких мошенников, воров или уголовников. Тюрьма специально строилась за толстыми стенами крепости, чтобы в ней можно было содержать людей, совершивших преступления, связанные с политикой.
Рядом, на территории крепости, в 1730 годах располагалась Канцелярия тайных разыскных дел – главное учреждение империи, занимавшееся производством политического сыска. Деревянная тюрьма просуществовала до 1797 года, после чего была заменена каменным «Секретным домом» на 20 камер.
