Учрежден 7 мая 1765 года королем польским и великим князем литовским Станиславом Августом Понятовским. Орден был наградой Речи Посполитой, Варшавского герцогства и Царства Польского. После подавления польского восстания 1830—1831 годов в 1831 году, наряду с польским орденом Белого орла, был причислен к орденам Российской империи. Управление орденом и вопросы награждения были переданы из Варшавы в Санкт-Петербург. В 1832 году с него убрали изображение Св. Станислава, заменив его вензелями SS, а одноглавые польские орлы на орденском кресте были заменены на двуглавых орлов Российской империи.
В 1839 году Николай I издал новый Статут ордена, согласно которому он теперь разделялся на три степени, а награждение могло производиться любым подданным Российской Империи и Царства Польского как за военные и гражданские отличия, так и за частные заслуги, например, благотворительность. Знак ордена второй степени разделялся на два вида: крест, украшенный императорской короной, и крест без короны (разделение было упразднено в 1874 году). С 1844 года на знаках ордена, вручаемых лицам нехристианского вероисповедания, изображение вензелевого имени Святого Станислава стало заменяться чёрным императорским российским орлом.
Орден Св. Станислава 3-й степени стал самым младшим в порядке старшинства российских орденов и вручался чаще других. Его получали многие военные и статские лица, прослужившие установленные сроки и имевшие чины не ниже 12-го класса. При учреждении орден любой степени предоставлял права потомственного дворянства, однако в среде дворянства возникло недовольство из-за слишком большого числа новых дворян из числа купцов и мелких служащих. В 1845 году высочайшим повелением было приостановлено награждение 2-й и 3-й степенями. Награждения возобновились лишь с 28 июня 1855 года, но с этого времени право потомственного дворянства предоставляла только 1-я степень ордена Св. Станислава.
С 1855 года к знакам ордена за военные отличия присоединялись два накрест лежащих меча. В случае награждения тем же орденом более высокой степени за невоенные заслуги, мечи помещались в верхней части креста и звезды. С 1874 года было отменено украшение знака ордена императорской короной, однако получившие такие ордена ранее сохранили право носить их с короной.
После Февральской революции орден не был упразднен. Временное правительство России сохранило орден Святого Станислава, изменив его внешний вид: императорских орлов сменили республиканские. С 1917 года награждение этим орденом в советской России было прекращено. Главы Российского Императорского дома в изгнании продолжили награждать Императорским и Царским Орденом Св. Станислава.
