Лев Лопатин родился 13 июня 1855 года в городе Москва. В 1875 году он поступил на историко-филологический факультет Московского университета. После завершения университета его оставили при кафедре философии для подготовки к получению профессорского звания.
С 1885 года он был приват-доцентом, а с 1892 года — экстраординарным профессором университета. В 1886 году Лопатин защитил магистерскую диссертацию, а в 1891 году — докторскую.
С 1894 года Лопатин был соредактором журнала «Вопросы философии и психологии». С 1899 года он возглавлял Московское психологическое общество. Его основной философский труд — «Положительные задачи философии», включающий его магистерскую и докторскую диссертации. Среди его серьезных работ были «Вопрос о свободе воли», «Критика эмпирических начал нравственности», «Научное мировоззрение и философия», «Настоящее и будущее философии», и «Спиритуализм как монистическая система философии».
Лопатин определял свою систему как конкретный спиритуализм или персоналистическую метафизику. Он разделял вывод своего друга В.С. Соловьева о кризисном состоянии европейской философии во второй половине 19 века. Лопатин видел причину этого кризиса в отказе современной философии от онтологизма и ее превращении в «служанку» науки, а не богословия. Он ставил перед собой задачу «возрождения» метафизики. В его трактовке метафизическое знание существует в двух вариантах: ориентированное на рациональное обоснование неопытных истин или основанное на вере в некоторые логически не доказанные принципы.
Лопатин считал рационалистические системы Спинозы и Гегеля классическими типами онтологии разума. По его убеждению, универсальная духовность бытия позволяет признать реальность человеческой свободы, а вместе с ней возможность подлинно нравственных и творческих действий. Лев Михайлович Лопатин скончался 21 марта 1920 года в Москве.
