Родился в городе Жиздра. В 1912 году окончил городское училище в Жиздре, а в 1915 году — землемерное училище в Москве. В августе 1915 года был мобилизован в Русскую императорскую армию, где служил в 5-м отдельном сапёрном батальоне. После учёбы в 6-й Московской школе прапорщиков в 1916 году стал младшим офицером 203-го запасного пехотного полка.
Участвовал в Первой мировой войне, командовал ротой 506-го пехотного полка на Кавказском фронте. После расформирования части в марте 1918 года вернулся в Жиздринский уезд и работал на Думиничском чугунно-литейном заводе.
В июле 1918 года призван в Красную Армию, служил инструктором в Всевобуче Жиздринского уездного военкомата. Участвовал в Гражданской войне с 1920 года, командовал ротой в 8-й стрелковой дивизии. В 1931 году окончил курсы «Выстрел» и служил в различных должностях в стрелковых полках и дивизиях.
В 1939 году назначен командиром 52-й стрелковой дивизии, участвовал в советско-финской войне на Мурманском направлении. Во время Великой Отечественной войны начал как командир 52-й стрелковой дивизии, затем командовал Кемской оперативной группой и 116-м, 7-м, и 119-м стрелковыми корпусами. Участвовал в наступательных операциях и блокаде Курляндской группировки противника.
Вступил в ВКП(б) в 1940 году.
На посту командира этой же дивизии встретил Великую Отечественную войну. В начале Великой Отечественной войны продолжал командовать 52-й стрелковой дивизией, которая в составе 14-й армии Северного фронта участвовала в обороне Заполярья. С началом войны всю дивизию пришлось спешно собирать в Мурманске, откуда её 2 июля 1941 года спешно бросили в бой против наступавших войск противника на рубеже реки Западная Лица (60 км северо-западнее Мурманска) в ходе Мурманской оборонительной операции. А уже 9 июля 1941 года «за невыполнение приказа и отсутствие должного руководства частями» он был снят с должности и зачислен в распоряжение Военного совета 14-й армии.
Однако, видимо разобравшись в обстановке, 27 июля 1941 года генерала Никишина назначили командиром 14-й стрелковой дивизии на место убитого в бою 30 июня генерал-майора А. А. Журбы (по некоторым данным, Никишин временно исполнял должность командира дивизии ещё с 11 июля). Дивизия успешно оборонялась на южном берегу губы Большая Западная Лица. Особо упорными были бои с июля по сентябрь 1941 года, когда немецкое командование несколько раз пыталось прорваться к Мурманску. Но к середине сентября линия фронта на этом участке окончательно стабилизировалась, немецкое наступление в Заполярье было окончательно остановлено.
С декабря 1941 года командовал Кемской оперативной группой войск Карельского фронта, прикрывавшей Кировскую железную дорогу на кестеньгском, ухтинском и ребольском направлениях. В марте 1942 года оперативная группа была развёрнута в 26-ю армию, соединения которой под его командованием в апреле-мае 1942 года провели Кестеньгскую наступательную операцию. Затем части армии вели бои местного значения. В мае 1943 года генерала Никишина направили на учёбу.
Он окончил ускоренный курс Высшей военной академии имени К. Е. Ворошилова в 1944 году. С марта 1944 года командовал 116-м стрелковым корпусом в 67-й армии на Ленинградском и на 3-м Прибалтийском фронтах. С мая 1944 года — командир 7-го стрелкового корпуса 54-й армии 3-го Прибалтийского фронта, во главе которого участвовал в Псковско-Островской наступательной операции. С 6 августа 1944 года до конца войны командовал 119-м стрелковым корпусом с составе войск 1-й ударной армии этого же фронта. Этот корпус под его командованием участвовал в Тартуской и Прибалтийской наступательных операциях, а с октября 1944 года по май 1945 года в составе 67-й армии 2-го Прибалтийского фронта участвовал в блокаде Курляндской группировки противника.
После войны продолжал командовать 119-м стрелковыми корпусом. Осенью 1945 года корпус убыл из Прибалтики в Туркестанский военный округ. С июля 1949 года в отставке.
Награжден орденом Ленина, 3 орденами Красного Знамени, орденом Богдана Хмельницкого 1-й ст., медалями.
Жил в Риге. Похоронен на Гарнизонном кладбище в Риге в 1974 году.