Юлий Юсупович Абдрашитов родился 19 января 1945 года в Харькове в семье военного. Его отец, Юсуп Шакирович Абдрашитов (1918—1998), был военнослужащим татарского происхождения, а мать, Галина Николаевна Абдрашитова (1922—2002), русская инженер-химик.
Юлий жил и работал в Москве. В период с 1959 по 1961 год он учился в Алма-Атинском техникуме железнодорожного транспорта, затем, с 1961 по 1964 год, в МФТИ, а в 1964—1967 году успешно закончил Московский химико-технологический институт им. Д. И. Менделеева на кафедре технологии электрохимических производств. Его дипломная работа была посвящена теме «Электроокисление спиртов алифатического ряда».
С 1967 по 1970 год Абдрашитов работал на Московском заводе электровакуумных приборов. В 1970 году он поступил на режиссёрский факультет ВГИКа, где обучался в мастерской М. И. Ромма, а после его смерти продолжил обучение у Л. А. Кулиджанова. Первая студенческая работа Абдрашитова, немой шестиминутный документальный этюд под названием «Репортаж с асфальта», был высоко оценён Роммом. В 1974 году он снял сатирическую комедию «Остановите Потапова!», основанную на рассказе Г. И. Горина.
Юлий Райзман, обративший внимание на его талант, пригласил молодого режиссёра на работу в киностудию «Мосфильм«, где Абдрашитов встретился с Александром Миндадзе. Вместе они создали 11 фильмов.
Работы Абдрашитова характеризуются сдержанным и внутренне напряжённым кинематографическим языком. В центре его работ всегда стоят острые нравственные проблемы.
Юлий Абдрашитов был членом Союза кинематографистов России, секретарём правления Союза кинематографистов СССР в 1986—1990 годах, действительным членом Российской Академии кино, членом правления Гильдии кинорежиссёров России, президентом кинофестиваля «Сталкер» и председателем Правления киностудии «Арк-фильм» киноконцерна Мосфильм. Он также занимал должность профессора ВГИКа, руководителя мастерской кафедры режиссуры художественного фильма и президента Международного фестиваля фильмов о правах человека «Сталкер» с 2019 года.
Юлий Абдрашитов скончался 12 февраля 2023 года на 79-м году жизни от рака, прежде переболев коронавирусом. Его похоронили на Троекуровском кладбище в Москве.