Институт был основан 23 июня 1903 года на базе Педагогических курсов при Санкт-Петербургских женских гимназиях, которые были открыты в рамках Ведомства учреждений императрицы Марии (1859 год). Первым директором института стал С. Ф. Платонов.
Идея преобразования курсов в институт принадлежала инспектору курсов А. Н. Страннолюбскому. А. Е. Пресняков, внёсший значительный вклад в создание программы института, отмечал: «Курсы, как они теперь поставлены, — учреждение маргариновое, а мы хотим создать высшее заведение особого типа» (1898 год).
Целью института была подготовка преподавательниц для всех классов женских учебных заведений. Институт функционировал в рамках Ведомства учреждений Императрицы Марии. Для практических занятий студенток в преподавании при институте существовала женская гимназия с начальной школой и детским садом. Институт был разделён на 2 отделения: словесно-историческое и физико-математическое, каждое из которых имело 4-летний курс. Первые 2 года обучения были посвящены теоретическим занятиям, а с 3-го года студентки начинали практическую педагогическую подготовку. Программа института включала изучение Закона Божия, философских, педагогических, словесно-исторических, физико-математических, естественно-исторических и иностранных языков.
В институт принимались девушки не моложе 16 лет, имеющие среднее образование. Студентки не проходили переходных экзаменов, а переводились по определению конференции; окончательные испытания проводились по каждому предмету на соответствующем курсе.
К 1 января 1905 года в институте обучалось более 300 человек.
В 1918 году институт был преобразован в 1-й Петроградский государственный педагогический институт, который в 1922 году был объединён с 3-м Петроградским педагогическим институтом имени А. И. Герцена, образовав единый Петроградский педагогический институт имени А. И. Герцена.