Клинику разместили в Лефортово, ныне это главный военный клинический госпиталь имени Н. Н. Бурденко. Одновременно там же была открыта Московская госпитальная школа. Первым руководителем госпиталя и школы был личный врач Петра I, голландец Николас Бидлоо. С появлением военного госпиталя и госпитальной школы при нем были заложены основы отечественной клинической медицины и медицинского образования. Через 9 лет появились Петербургский сухопутный и адмиралтейский госпитали, затем — Кронштадтский морской госпиталь. Если за первые 4 года через Яузский госпиталь прошло около 2 тысяч раненых, то в 1812 году — уже 10 тысяч, а во время Первой мировой войны — 376 тысяч.
В отечественной военной медицине работали многие врачи с мировым именем.
Николай Иванович Пирогов (1810-1881) впервые в условиях полевого госпиталя применил гипсовую повязку для фиксации при переломах, избавив многих солдат и офицеров от ампутации. Он первым стал проводить операции с эфирным наркозом в условиях военно-полевых госпиталей, что кардинально снизило смертность от болевого шока. Пирогов впервые внедрил разделение раненых на пять категорий по степени тяжести полученных травм, для каждой категории предусмотрел свою тактику лечения. Он стал основоположником лечебно-эвакуационной службы Российской армии.
Николай Нилович Бурденко (1876-1946), главный хирург Красной Армии в 1937-1946 гг., разработал положение о военно-полевой хирургии. В мае 1944 года он создал инструкцию по профилактике и лечению шока — одного из самых тяжёлых осложнений военных травм. Бурденко внедрил применение пенициллина для лечения раневых инфекций, что спасло жизни сотен тысяч советских воинов.
В 1941-1945 гг. через госпитали прошло 22 млн. человек, из них 17 млн. были возвращены в строй. В годы войны погибли 85 тыс. медиков. Боевые награды получили 116 тысяч военных врачей и санинструкторов, 49 были удостоены звания Героя Советского Союза.