Родился 15 мая 1900 года в Ярославской губернии в бедной семье. С 1918 года работал на телеграфе в Ярославле. В мае 1919 года направлен учиться в Москву в Центральную школу советской и партийной работы при ВЦИК, где трижды слушал выступления В. И. Ленина.
Николай Иванович Труфанов принимал активное участие в Гражданской войне, начиная с ранга рядового, и затем занимал должность начальника полевой телефонной конторы на Юго-Восточном и Южном фронтах. В период межвоенного времени (1921-1937 гг.) его служебная карьера включала в себя ряд должностей, таких как заместитель военкома кавалерийского полка, командир кавалерийского взвода, помощник командира и командир кавалерийского эскадрона, начальник полковой школы, помощник командира и начальник штаба кавалерийского полка.
С 1939 года Н. И. Труфанов занимал пост начальника штаба 4-й стрелковой дивизии, принимая участие в советско-финской войне 1939-1940 гг. С начала Великой Отечественной войны он занимал ряд важных должностей, таких как помощник командира 23-й стрелковой армии, начальник штаба 28-го механизированного корпуса, начальник штаба 47-й армии Западного военного округа. С ноября 1941 года он стал начальником штаба, начальником тыла и заместителем командующего 47-й армией. С апреля 1942 года он командовал 1-м отдельным стрелковым корпусом, а с июля — 51-й армией. С июня 1943 года он был заместителем командующего 69-й армией, а с марта 1945 года — командиром 25-го стрелкового корпуса на Крымском, Северо-Кавказском, Сталинградском, Воронежском, 2-м Украинском и 1-м Белорусском фронтах.
На различных должностях, которые он занимал, Труфанов проявлял высокие организаторские способности, успешно руководя войсками и эффективно решая боевые задачи. Он принимал участие в решающих битвах, включая Сталинградскую и Курская битва, а также в операциях по разгрому противника в Белоруссии, Люблин-Брестской, Висло-Одерской, Восточно-Померанской и Берлинской наступательных операциях.
После войны, начиная с июня 1950 года, Н. И. Труфанов занимал важные должности, такие как начальник Управления боевой и физподготовки войск Дальнего Востока, командующий армией, заместитель командующего войсками Дальнего Востока, главный военный советник и старший военный специалист в Национальной Организации Альянса Коммунистических Стран (НОАК). С 1960 года он находился в отставке.
Награжден 2 орденами Ленина, 3 орденами Красного Знамени, 2 орденами Кутузова 1 ст., орденами Суворова 2 ст., Отечественной войны 1 ст., Красной Звезды, медалями, а также иностранными орденом и медалями.
В 1959 году перенёс обширный инфаркт, и в 1960 году ушел в отставку. Жил в Харькове на родине второй супруги. Скончался 12 февраля 1982 года.