Форт «Император Александр I» был введен в эксплуатацию в 1845 году с целью обеспечения защиты с юга основной базы Балтийского флота. По своей архитектуре он представлял собой типичный казематированный форт с середины XIX века, разработанный по аналогии с известным фортом Бойяр. Внутри форта было достаточно места для размещения сотен орудий и тысячи членов гарнизона, а также имелся обширный внутренний двор с богатой архитектурой.
К 1886 году форт полностью утратил свое военное значение и был исключен из числа военных объектов. В течение следующих двух лет он был реконструирован под руководством Императорского института экспериментальной медицины и превратился в Особую лабораторию. Целью лаборатории было заниматься исследованиями чумного бацилла.
В это время мир охватила третья пандемия чумы. Вспышки болезни в различных частях мира, таких как Гонконг, Бомбей, Тайвань, требовали активных мер для разработки противочумных препаратов, создания рекомендаций по контролю за вспышками и обучению противочумных служб.
Лаборатория, размещенная в форте, была ключевым центром для работ по созданию сыворотки от чумы. Однако было необходимо предпринять все возможные меры, чтобы предотвратить распространение чумы из лаборатории на улицы города. Именно по этой причине Имперский институт экспериментальной медицины выбрал тихое, уединенное место — форт, окруженный водой.
Артиллерийские амбразуры были преобразованы в окна, а внутренний двор был переоборудован для содержания лошадей, необходимых для проведения экспериментов с чумой. Также был создан дворик для прогулок и крематорий с двумя печами для уничтожения материалов, представляющих биологическую опасность. Помещения на первом этаже использовались для различных нужд, включая лаборатории, прачечную, баню, кузницу и кухню. Также там была комната для пыток с крючьями, где замученные жертвы оставили след своего бессильного ужаса. На втором этаже разместились лаборатории, комнаты для персонала, бильярдная и сауна для проституток.
Работа с возбудителем чумы, производство противочумных препаратов, заражение и вскрытие животных проводились с особыми мерами предосторожности для того времени.
Врачи и прислуга надевали брюки и халаты из тонкой прорезиненной материи и калоши, на голову холщовый колпак; по окончании работы халат и брюки вымачивались в карболовой кислоте, калоши мылись дезинфицирующим раствором.
Противочумную вакцину готовили из 4-недельных бульонных очень вирулентных выведенных популяций возбудителя чумы, убитых нагреванием при температуре 60°С в течение часа; стерильность препарата проверялась на морских свинках. Вакцину разливали во флаконы по 20 мл в каждом с прибавлением 0,5% карболовой кислоты. Флаконы запаивали еще час грели при 60°С. Для получения иммунитета (не самого стойкого и надежного) необходимо было сделать две прививки, сопровождавшиеся головной болью, рвотой, повышением температуры до 39 градусов и выше, ознобом, мышечными болями.