Д. Н. Никишов участвовал в боях на Южном и Западном фронтах во время Гражданской войны, занимая различные должности, такие как политбоец, политком батальона, военком стрелкового полка. В межвоенный период он занимал различные командные и штабные должности, в том числе помощника командира, командира роты, командира батальона, и другие.
В советско-финляндской войне 1939-1940 гг. он был начальником штаба 9-й армии и был награжден орденом Красной Звезды. После этого он занимал различные должности, такие как начальник штаба СКВО, начальник штаба ВВС Красной Армии, начальник штаба ЛВО.
В начале Великой Отечественной войны, он был начальником штаба Северного фронта, а затем заместителем начальника Генерального штаба и начальником карельского направления. В дальнейшем, он занимал важные командные и штабные позиции на Юго-Западном фронте и Южном фронте, включая и.д. командующего 57-й армией на Южном фронте и начальника штаба Сталинградского фронта.
Однако, из-за трудной ситуации в районе Сталинграда, в сентябре 1942 года, по решению Ставки ВГК, Д. Н. Никишов был отстранен от должности и направлен на должность и.д. старшего преподавателя кафедры общей тактики Военной академии им. М. В. Фрунзе. После этого он занимал ряд должностей военной академии, включая начальника кафедры общей тактики и кафедры оперативной подготовки.
После окончания войны Д. Н. Никишов продолжал свою службу в военной академии, занимая различные должности, такие как начальник кафедры оперативного искусства и заместитель начальника кафедры оперативно-тактической подготовки по оперативному искусству. Он был награжден орденом Ленина, двумя орденами Красного Знамени, орденом Красной Звезды и медалями. В декабре 1954 года он перешел в запас.
Умер Дмитрий Никитич 20 декабря 1973 года в Москве. Похоронили на Введенском кладбище (29 уч.).