В 1627 году деревня Манухино, рядом с которой находилось кладбище, была поместьем братьев Воина и Петра Пушкиных. Изначально кладбище называлось Сетуньским, в связи с рекой Сетунь, протекавшей поблизости. Считается, что название реки (и, следовательно, кладбища) произошло от слова «сетовать», так как в бассейне реки с XII века проводились захоронения погибших в боях воинов, а местные жители приходили скорбеть о своих родственниках. Есть также версия, согласно которой гидроним «Сетунь» связан с балтийскими языками и происходит от латышского слова «siets», что означает «глубокое место в реке».
В 1673 году земля перешла в собственность окольничего Артамона Матвеева. Он обустроил поместье и к 1676 году построил каменную Спасскую церковь при кладбище, после чего село стало именоваться Спасское-Манухино. Затем, в 1735 году, поместье было передано графу Павлу Ягужинскому и осталось в его собственности. С конца XVIII века владельцы села менялись несколько раз.
После отмены крепостного права в 1861 году на территории появились фабрики, а в 1872 году была проложена железная дорога. В конце XIX века в поселке Кунцево, расположенном рядом с селом, появились первые промышленные предприятия, а рабочие начали поселяться в округе. В 1917 году предприятия были национализированы, и в 1925 году Кунцево получило статус города. В 1928 году Спасское-Манухино вошло в его состав, а кладбище стало известно как Кунцевское.
В 1941 году Спасская церковь была закрыта. С 1960 года, когда Кунцево стало частью Москвы, кладбище стало филиалом Новодевичьего, и на нём начали хоронить известных людей. В 1975 году был установлен мемориал над братской могилой солдат, погибших во время Великой Отечественной войны. В конце 1980-х годов храм у кладбища был восстановлен и освящён заново.
Территория кладбища разделена на Старое и Новое. Старое занимает участки с первого по восьмой, где также расположены погребения древнего Сетуньского погоста. Новое же включает участки с девятого по двенадцатый, где построены колумбарии открытого и закрытого типов.
В августе 2017 года ученики школы № 323 приняли участие в городской акции, посвящённой 72-летию Победы в Великой Отечественной войне: они привели в порядок территорию у Братской могилы, почтили память воинов минутой молчания и провели Вахту Памяти. Тогда же городскими властями было запланировано улучшение дорожной сети на кладбище.
6 декабря 2017 года у мемориала «Братская могила» прошёл митинг по случаю празднования 76-й годовщины битвы за Москву, а 16 марта 2018 года на кладбище у могилы Александра Васильева, который занимал должность прокурора Москвы с 1944 по 1952 год, состоялся митинг в честь 85-летия со дня образования Московской прокуратуры. Почтить память коллег прибыли представители ветеранов и работники прокуратуры. После митинга в храме состоялась панихида.
На кладбище похоронены государственные и политические деятели, военные, представители творческой интеллигенции, спортсмены и другие известные личности. Среди них поэт Эдуард Асадов, композитор и певец Евгений Мартынов, народный артист России Виктор Павлов, министр машиностроения СССР Вячеслав Бахирев, Дважды Герой Советского Союза генерал-майор авиации Кирилл Евстигнеев, народные артисты СССР Владимир Басов, Нонна Мордюкова, Борис Петкер, кинорежиссёр Леонид Гайдай, Герой Советского Союза Раиса Аронова, актриса Наталья Кустинская, русский советский писатель Венедикт Ерофеев, певец и музыкант Евгений Белоусов, российский общественный деятель Максим Марцинкевич.