Храм Святого Иоанна Предтечи в Керчи считается одним из древнейших действующих православных храмов в России. Его история уходит корнями в 6 век, когда была построена первая христианская базилика на этом месте. В 9-10 веках на основе этой базилики был возведен новый храм. В 19 веке к нему были добавлены притворы и колокольня в неовизантийском стиле. Важно отметить, что старинная часть храма сохранила свою византийскую крестово-купольную планировку после перестроек.
Согласно записям монаха Епифания, который посетил Крым в 815 году, в Боспоре (Керчи) существовал большой храм святых апостолов. В основании этого храма был вкопан ковчег с именем Апостола Симона Кананита. Этот храм имел форму базилики, и мощи находились в нем, вероятно, с момента его постройки. Также в храме хранились другие священные предметы, включая греческое рукописное Евангелие 9 века, рукописный «Апостол» из Константинополя 12 века и древние иконы Спасителя, Богоматери и Иоанна Предтечи.
Вокруг храма сложилось множество легенд, включая одну о том, что церковь была основана с благословения апостола Андрея Первозванного, который якобы прибыл в Боспор в 65 году. Что касается следов на камне, то в 1799 году их показывали П. И. Сумарокову, и их считали следами святых. Эти «Следы Святого» приписывались Святому Иоанну Предтече или апостолу Андрею Первозванному, и вода, которой набирались эти следы, считалась целебной.