В 1797 году по приказу императора Павла Первого, Петербургский Воспитательный дом был приравнен в правах к Московскому отделению Воспитательного дома, которые уже существовали с 1764 года. Также в том же 1797 году этот учебный заведение получило покровительство от императрицы Марии Фёдоровны, что дало начало более широкому попечению о сиротах.
В этом Воспитательном доме не только обеспечивали детей пищей и жильем, но также предоставляли им образование и профессиональную подготовку. Здесь были созданы классы для подготовки гувернанток, наставниц, учительниц музыки, языков и каллистении (физической культуры). В 1837 году эти классы были реорганизованы в Сиротский институт, который позже, в 1855 году, был назван в честь императора Николая I. Для девочек из разночинных семей был создан Александринский сиротский институт, который в 1905 году стал первым женским профессиональным училищем для подготовки нянь, модисток и учительниц начальных разночинных школ.
В 1903 году на основе коммерческих педагогических курсов Воспитательного дома был учрежден высший Женский педагогический институт (с 1912 года — Императорский), который выпускал учительниц-предметниц для гимназий. Этот институт стал первым в России государственным высшим учебным заведением для женщин.
В 1918 году, на основе Воспитательного дома, по приказу Наркомпроса, был основан Третий Петроградский педагогический институт, который стал выпускать тысячи учителей для вновь созданных школ. В 1920 году институту было дано имя А. И. Герцена. В 1922—1923 годах 1-й и 3-й педагогические институты были объединены в Петроградский государственный педагогический институт имени А. И. Герцена.
Даже во времена Великой Отечественной войны научная и учебная работа института продолжалась. В 1942 году к институту была присоединена Академия коммунистического воспитания имени Н. К. Крупской, которая была эвакуирована на Урал в город Кыштым. После войны институт превратился в крупнейший в СССР центр подготовки педагогических кадров.
В 1957 году Институт имени А. И. Герцена объединился с Ленинградским педагогическим институтом имени М. Н. Покровского.
21 января 1991 года ЛГПИ им. А. И. Герцена был переаттестован как университет и получил новое название — «Российский государственный педагогический университет имени А. И. Герцена.»
В 1993 году университет стал одним из первых вузов в России, который начал внедрять многоуровневую систему высшего образования.
Сегодня в Герценовском университете более 30 научных школ.