Центр специального назначения Федеральной службы безопасности был учрежден 8 октября 1998 года по инициативе Владимира Путина, который тогда занимал должность директора ФСБ. Это решение было вызвано необходимостью противодействия нарастающей угрозе терроризма против России.
В результате объединения легендарных групп «Альфа» и «Вымпел» в единое мощное подразделение стали Управлениями «А» и «В» ЦСН ФСБ. Также была создана служба специальных операций. В 2008 году в структуре Центра были созданы подразделения на Северном Кавказе, а в 2014 году — в Крыму.
Основной задачей ЦСН ФСБ России является борьба с международным терроризмом как на территории России, так и за ее пределами. Это включает в себя выявление, предотвращение, пресечение, раскрытие и расследование террористических актов через проведение оперативно-боевых и других мероприятий.
На момент начала 2014 года, в течение пятнадцати лет своей работы, сотрудники ЦСН ФСБ России провели множество успешных операций, в ходе которых изъято значительное количество оружия, боеприпасов и взрывчатых веществ, освобождены сотни заложников, и нейтрализированы опасные бандформирования, включая таких известных главарей, как Салман Радуев, Арби Бараев, Аслан Масхадов, Раппани Халилов, Анзор Астемиров, а также эмиссары международной террористической организации «Аль-Каида» на Северном Кавказе — Абу Умар, Абу Хафс, Сейф Ислам и многие другие.
За годы своей деятельности ЦСН ФСБ России множество его сотрудников были награждены государственными наградами. Двадцать военнослужащих получили почетное звание «Герой Российской Федерации», одиннадцать из них были удостоены этой награды посмертно.