Территория, где расположен нынешний Томск, населена была задолго до его основания. Это подтверждается археологическими находками, включая стоянку эпохи палеолита в Лагерном саду, обнаруженную в XIX веке.
По историческим данным, на момент прихода русских на эти земли жили сибирские татары и кочевые народы, среди которых были враждующие племена. Территорией устья реки Ушайки и прилегающих земель на левом берегу Томи владело татарское племя эушта.
В январе 1604 года на приглашение Бориса Годунова в Москву прибыло посольство во главе с князем татар эуштинского племени по имени Тоян. Эти послы просили о включении их в русское подданство и защите от нападений соседей, включая енисейских кыргызов и калмыков.
25 марта того же года Борис Годунов отправил казачьего голову Гаврилу Писемского из Сургута и стрелецкого голову Василия Тыркова из Тобольска с поручением основать крепость на берегу реки Томи в татарских землях. Планом также было создание государевой пашни вокруг этой крепости и приведение окружающих народов в подданство Российской империи.
Первые казаки прибыли на берег реки Томи 7 июня 1604 года. Все строительные работы были завершены к 7 октября (по старому стилю — 27 сентября) того же года, и эта дата считается днем рождения Томска.
В соответствии с Уставом Томска Днем города официально признан 7 июня.
К 1648 году первый острог ушел в упадок, и на южном мысе Воскресенской горы, близ устья реки Ушайки, был построен новый острог.
Таким образом, Томск стал важным стратегическим военным центром, обеспечивая безопасность местного населения в течение всего XVII века. Город успешно отразил набеги кочевников несколько раз за этот период.
Томские казаки также внесли вклад в основание других городов-крепостей, таких как Кузнецкая крепость (ныне Новокузнецк), Ачинск, Красноярск и Енисейск.