24 июня 1619 года митрополит Филарет, отец царя Михаила Фёдоровича, возведён в патриархи Всея Руси.
Прибыл в Москву 14 июня 1619 года; 24 июня его интронизацию по чину поставления первого Московского патриарха совершил бывший в Москве Иерусалимский патриарх Феофан III.
Через неделю после этого события Филарет принял активное участие в деятельности Собора, созванного для пересмотра дела архимандрита Троице-Сергиева монастыря Дионисия и его коллег-справщиков: Арсения Глухого, Антония Крылова и Ивана Наседки. Дело в том, что 18 ноября 1616 года Михаил Фёдорович поручил учёным старцам заняться исправлением Требника. Результаты проделанной ими работы получили отрицательную оценку церковных властей, и 28 июля 1618 года иноки были обвинены в ереси. Одним из поводов для этого послужило изменение текста молитвы, читавшейся в навечерие Богоявления, где из прошения: «Сам и ныне, Владыко, освяти воду Духом Твоим Святым и огнем» — было удалено «и огнем» (не найдя этих слов в наиболее ранних источниках текста, справщики вполне обоснованно расценили их как позднейшую вставку и вычеркнули). Работа Собора 1619 года завершилась полным оправданием троицкого настоятеля и его коллег. Кроме того, патриарх Филарет признал логичным устранение слов «и огнем» из названной выше молитвы: 19 декабря 1625 года он поручил игумену Антониево-Сийского монастыря Ионе собственноручно внести эту коррективу во все доступные ему богослужебные книги и проследить за тем, чтобы с января священнослужители «святили воду в навечерии Святых Богоявлении по сему нашему указу бес прилогу „огня“». Были одобрены и многие другие исправления, предложенные справщиками.
В 1620 году в Москве под председательством патриарха Филарета прошёл новый Собор. Формально он был созван по жалобе двух столичных священников Иоанна и Евфимия на митрополита Сарского и Подонского Иону за то, что последний повелел им принять в церковь двух поляков Яна Слободского и Матфея Свентицкого не крещением, а миропомазанием. Филарет вызвал Иону на допрос, где тот пытался доказать каноничность своего решения. Сарский владыка опирался на Вопрошание Кириково и 95 правило Трулльского собора. Патриарх отвечал ему, что «еретическое крещение несть крещение, но паче осквернение», обосновывая это 46 и 50 апостольскими правилами и 19 правилом I Никейского собора. Также Филарет напомнил о низложении патриарха Игнатия, который принял Марину Мнишек миропомазанием, и о патриархе Гермогене, настаивавшем на крещении королевича Владислава и даже составившем «писание», дополненное самим Филаретом, где доказывал, что еретиков необходимо крестить. А «всех же убо еретических вер <…> сквернеиши и лютеиши есть латыняне папежницы. понеже всех древних еллинских, и жидовских и агарянских, и еретических вер ереси проклятыя в закон прияша». В указанном «писании» («Ереси римские»), составленном из церковных правил, обосновывался первый чиноприём из католицизма в православие посредством подведения «латинян» под древние ереси. По итогу беседы, патриарх решил запретить Ионе служить Литургию до Собора. Непосредственно на Соборном заседании 16 октября первосвятитель произнёс речь, в которой обличил митрополита и ответил на его аргументы уже публично. Своё неприятие ссылки на предписание Нифонта он обосновал тем, что оно, по его мнению, уже потеряло силу. На приведение оппонентом 95 правила VI Вселенского собора, по которому одних еретиков нужно крестить, других — миропомазывать, Филарет ответил, что католиков следует относить к первой группе, ибо «в латинских ересех все те ереси есть суть». В качестве весомого аргумента была зачитана и упоминавшаяся каноническая компиляция «Ереси римские». После всех разбирательств Иона покаялся, и с него было снято прещение. Соборное изложение, предписывавшее крестить католиков, было подписано всеми присутствовавшими епископами. На другом заседании, созванном спустя 12 дней, было рассмотрено отношение к «белорусцам» — выходцам из Литвы. Собор, в виду распространённого среди них разноверия, ужесточал меры их принятия в церковное общение, повелевая перекрещивать троекратным погружением тех, по отношению к кому были сомнения в правильности совершения таинства.
Будучи родителем государя, до конца жизни официально был его соправителем. Использовал титул «Великий государь» и совершенно необычное сочетание монашеского имени «Филарет» с отчеством «Никитич»; фактически руководил московской политикой. Государственные грамоты того времени писались от имени царя и патриарха.