Почти через год после смерти третьего сына Ивана Грозного, царевича Дмитрия, фактический правитель российского государства боярин Борис Годунов приказал наказать виновных в убийстве княжеского наместника в Угличе 11 апреля 1592 года. Как известно, официальная комиссия, возглавляемая князем Василием Шуйским, пришла к выводу, что это был досадный несчастный случай. Однако люди спонтанно обвинили в смерти младенца диакона Михаила Битяговского и дюжину человек из его окружения.
Кроме того, в результате этого приказа более 60 угличских семей были сосланы в Тобольск. Более того, даже городской колокол был наказан. Это был колокол, который сообщил горожанам о трагедии по приказу матери принца Марии Нагойи, и в него ударил Пономарев Федор Огурец. Колокол был лишен язычка и публично избит 15 ударами плетью. Осужденные почти год несли колокол на спине в Сибирь.
В 1605 году Лжедмитрий, провозгласивший себя «чудесно спасенным» царевичем, пересмотрел угличское дело. Мария Нагоя признала в нем своего сына, и другие участники расследования также изменили свои показания.
Воссоединение матери и «сына» состоялось в селе Тайнинское на глазах у огромной толпы людей: Дмитрий спрыгнул с лошади и подбежал к карете, а Марфа, отдернув боковую занавеску, обняла его, оба плакали. Чудесное спасение царевича объяснялось вмешательством какого-то доброго врача.
Глава следственной комиссии Василий Шуйский менял свои показания по меньшей мере трижды. Будучи избранным на российский престол в 1606 году, он заявил, что царевич был «убит» «злым слугой Бориса Годунова».
Версия вины Годунова, который якобы организовал убийство царевича с целью в конечном итоге получить корону, оставалась официальной и сохранялась даже при Романовых, которые были почти истреблены при Годунове и были заинтересованы в том, чтобы запятнать его имя. После канонизации «невинно убиенного» царевича любые сомнения в факте убийства церковными властями считались богохульством.