Главной целью института была подготовка кадров для административных и торгово-промышленных учреждений в восточно-азиатской части России и прилегающих к ней государств.
Первым директором Восточного института стал профессор Алексей Матвеевич Позднеев.
Основными изучаемыми предметами стали языки китайский, японский, маньчжурский, корейский и монгольский. Кроме того, присутствовали такие дисциплины как география, счетоводство и товароведение, история и политическая организация восточных государств, английский и французский языки и юриспруденция.
Вплоть до 1918 года Восточный институт был единственным вузом на Тихоокеанской окраине России. Но в связи с потребностями расширения сферы образования в этом же году были основаны первые частные вузы. Среди них — первенец технического образования — Высший политехникум, ставший прародителем Дальневосточного политехнического института им. В.Куйбышева (ДВПИ), а затем — Дальневосточного технического университета (ДВГТУ). Тогда же возникли частные факультеты: историко-филологический, юридический факультет и восточный. Все они возглавлялись бывшими профессорами Восточного института.
В 1920 году на базе Восточного института был создан Государственный Дальневосточный университет (ГДУ), в состав которого вошли частные учебные заведения. ГДУ был образован 17 апреля 1920 года постановлением № 220 временного правительства Приморской областной земской управы.
Университет быстро развивался и вскоре стал одним из крупнейших высших учебных заведений за Уралом.
20 февраля 1930 года ВЦИК и НК РСФСР принял постановление о создании девяти новых вузов, а ГДУ был расформирован по политическим причинам. Одним из девяти образованных вузов стал Дальневосточный политехнический институт, который в 1992 году получил статус университета и стал Дальневосточным государственным техническим университетом (ДВГТУ им. Куйбышева).
Дальневосточный государственный университет как правопреемник Восточного института-ГДУ был восстановлен постановлением совета министров СССР № 1211 от 29 августа 1956 года о восстановлении Государственного дальневосточного университета, в составе 5 факультетов (физико-математического, историко-филологического, биологического, медицинского и романо-германской филологии).
В 1957 году открылся естественно-химический факультет, в 1958 году образовался историко-правовой факультет, а медицинский факультет выделился в самостоятельный ВУЗ — Владивостокский государственный медицинский институт.
В 1964 году был создан геофизический факультет с отделением океанологии.
В 1970—1980-е и особенно в 1990-е годы происходил интенсивный рост Дальневосточного государственного университета. По сравнению с 1956 годом университет вырос в несколько раз, добавились новые учебные и научно-исследовательские подразделения.
В 2006 году ДВГУ стал одним из 17 победителей национального приоритетного проекта «Образование» в этом же году ДВГУ получил Премию Правительства РФ в области качества и стал участником стипендиальной программы Оксфордского российского фонда.
На 2007 год в ДВГУ более 39 тысяч обучающихся, работает 4082 преподавателя и сотрудника. Университет состоит из 22 институтов, одной академии, функционирует 28 филиалов и представительств.
На 2009 год в ДВГУ более 41 тысячи обучающихся, около 5 тысяч сотрудников, из которых 1515 преподавателей, 1058 — с учёными степенями.
Создание Дальневосточного федерального университета было закреплено указом президента России от 7 мая 2008 года. Планировалось, что новый федеральный вуз разместится на острове Русском близ Владивостока в специально построенном для него комплексе зданий, а также в ряде объектов, строящихся для проведения саммита Азиатско-Тихоокеанского экономического сотрудничества (АТЭС) в 2012 году. Предполагалось, что к 2012 году в новом университете будет проходить обучение около 50 тыс. студентов. Федеральная целевая программа «Экономическое и социальное развитие Дальнего Востока и Забайкалья на период до 2013 года» предусматривает выделение средств на развитие нового вуза в объёме 41,75 млрд руб.
21 октября 2009 года президент России Дмитрий Медведев подписал указ «О создании федеральных университетов в Северо-Западном, Приволжском, Уральском и Дальневосточном федеральных округах», согласно данному указу планировалось в трёхмесячный срок создать Дальневосточный федеральный университет на базе Дальневосточного государственного университета.
Распоряжением Правительства России от 2 апреля 2010 года № 503-р был создан Дальневосточный федеральный университет путём изменения государственно-правового статуса ДВГУ. Однако статус ДВГУ до осени 2010 года был неопределённым в связи с отсутствием кандидатур ректора и высшего начальства. 8 октября 2010 года окончательный выбор кандидатуры ректора был сделан в пользу В. В. Миклушевского, и ДВГУ был окончательно ликвидирован как юридическое лицо.
17 декабря 2010 года председателем Правительства России Владимиром Путиным подписана Программа развития ДВФУ до 2019 года. В качестве приоритетных выбраны следующие направления развития: ресурсы мирового океана; энергоресурсы и энергосберегающие технологии; индустрия наносистем и наноматериалов; транспортно-логистический комплекс; экономическое, технологическое, культурное взаимодействие со странами Азиатско-Тихоокеанского региона и биолого-медицинские технологии. По этим направлениям будут сформированы своеобразные кластеры, сочетающие три направления. Это образовательные программы, которые будут в максимальной степени ориентированы на работодателя, исследовательские центры мирового уровня внутри каждого кластера и структуры коммерциализации исследований и разработок.
27 января 2011 года министром образования и науки России Андреем Фурсенко подписан приказ об объединении четырёх вузов (Дальневосточного федерального университета, Дальневосточного государственного технического университета, Тихоокеанского государственного экономического университета и Уссурийского государственного педагогического института) в Дальневосточный федеральный университет. Процесс реорганизации завершился 1 июня 2011 года.
