Кенигсбергская область в составе РСФСР была образована 7 апреля 1946 года. После войны город стал заселяться быстрыми темпами, восстанавливалось производство. Но город имел полузакрытый статус в связи со стратегическим положением. Для иностранцев город был практически закрыт, за исключением редких визитов дружбы из соседней Польши.
Штурм города Кенигсберг советскими войсками в ходе Восточно-прусской операции начался 6 апреля 1945 года. Особой ожесточенностью отличался бой за форт № 5 «Король Фридрих-Вильгельм III», охранявший северо-западные подступы к городу.
В ходе штурма Красной армией под командованием маршала Советского Союза Василевского была впервые применена тактика начала пехотной атаки до окончания артиллерийской подготовки, что позволило избежать огня противника на подходе к укреплениям и застать гарнизон укреплений врасплох. Обратной стороной медали явились значительные потери штурмующих сил от огня собственных войск — продолжающейся артподготовки.
В числе прочих, большие потери понесли отборные гвардейские части. Память о них впоследствии была увековечена в монументе «1200 гвардейцам», расположенном в центре города на Гвардейском проспекте. А 9 апреля 1945 года над башней «Дер Дона», где ныне расположен Музей янтаря, было поднято красное знамя, обозначившее конец немецкой истории города.
По решению Потсдамской конференции 1945 года северная часть немецкой провинции Восточная Пруссия, вместе со своей столицей Кенигсбергом, временно была передана СССР. Позднее, при подписании договоров о границах, Кенигсбергская область полностью признана владениями Советского Союза.
Осталось 20 000 из 370 000 немецких жителей, живших в городе до Великой Отечественной войны. Хотя сразу после войны началась работа по адаптации немцев к новой жизни — выходила газета «Новое время» на немецком языке, организованы школы, где преподавание велось на немецком, — было принято решение о депортации немецкого населения из Калининградской области в Германию, куда почти все они были отправлены к 1947 году.
Только некоторые специалисты помогали восстанавливать работу предприятий города и области вплоть до 1948 и даже до 1949 годов, но им не была предоставлена возможность получить советское гражданство, а впоследствии и они были депортированы в Германию, так же как принудительно выселены и с других территорий, потерянных Германией по итогам Второй мировой войны. Вместо них в город были переселены советские граждане.
В 1946 году, после смерти «всесоюзного старосты» Михаила Ивановича Калинина, в его честь город Кенигсберг Указом Президиума Верховного Совета СССР был переименован в Калининград, хотя Калинин не имел никакого прямого отношения к этому городу, а на карте страны уже были города Калинин и Калининград в Московской области.
