Основная часть обсерватории расположена в пос. Научный (около 14 км от г. Бахчисарая) на высоте 600 м над уровнем моря. Здесь находится администрация, научная библиотека, опытное оптическое производство и 17 оптических телескопов, в том числе и второй по величине оптический телескоп в России — 2.6-м телескоп им. академика Г.А. Шайна, первый в Европе и до настоящего времени единственный работающий гамма-телескоп второго поколения оснащенный фотополяриметром, уникальный комплекс солнечных телескопов.
