В ночь на 20 сентября было объявлено, что комиссаров якобы вывозят в Индию. Однако их посадили в особый поезд и вывезли на 207-ю версту Закаспийской железной дороги, где и расстреляли.
Коммунизм —
Знамя всех свобод.
Ураганом вскипел
Народ.
На империю встали
В ряд
И крестьянин,
И пролетариат.
Там, в России,
Дворянский бич
Был наш строгий отец
Ильич.
А на Востоке
Здесь
26 их было,
26.
Сергей Есенин
20 сентября 1918 С. Шаумян, М. Азизбеков, П. Джапаридзе, И. Фиолетов, М. Г. Везиров, Г. Корганов, Я. Зевин, И. В. Малыгин, Г. К. Петров, А. М. Амирян, В. Ф. Полухин, И. Я. Габышев, С. Г. Осепян, Э. А. Берг, Б. А. Авакян, А. А. Борян, М. В. Басин, М. Р. Коганов, А. М. Костандян, А. А. Богданов, С. А. Богданов, Ф. Ф. Солнцев, И. А. Мишне, И. П. Метакса, И. М. Николашвили, Т. Амиров, то есть 26 революционных деятелей Закавказья, были вывезены из Красноводска и расстреляны эсерами и английскими интервентами на 207-й версте Закаспийской железной дороги между станциями Перевал и Ахча-Куйма. Не отрубание голов неким «туркменом», а прежде всего расстрел с санкции фактических хозяев Красноводска.
Расстрел Бакинских комиссаров вызвал возмущение общественности. Российские эсеры пытались доказать, что они не участвовали в этом злодеянии. Член ЦК партии эсеров В. Чайкин издал книгу «К истории русской революции. Казнь 26 бакинских комиссаров» (1922), написанную с целью оправдания эсеров; в то же время она содержит ряд фактов и документов, обличающих английских интервентов. У. Маллесон в своих статьях и книгах (1922-1923, 1933), напротив, старается взвалить всю вину на эсеров и утверждает, будто английская миссия пыталась спасти Бакинских комиссаров. С той же целью в Англии в 1959 была опубликована статья бывшего сотрудника генерала Маллесона в Средней Азии К. Г. Эллиса «Операции в Закаспии в 1918-1919 гг. и дело 26 комиссаров». 10 октября 1961 в «Таймсе» было опубликовано письмо того же Эллиса, в котором он вновь, вопреки фактам, утверждает, что Бакинские комиссары были расстреляны эсерами якобы без всякого участия английской миссии.
15 сентября 1918 года после свержения Советской власти в Баку и изгнания англичан турецкими войсками власть в Азербайджане перешла к мусаватистам, но фактически, пишет Большая Советская Энциклопедия, «установилась диктатура турецкой военщины».
С капитуляцией Турции перед Антантой турецкие войска покинули Баку, и 17 ноября 1918 в город вошли снова английские интервенты, «опираясь на которых, — пишет БСЭ, — мусаватисты ликвидировали социалистические мероприятия Бакинской коммуны 1918, установили режим террора, помогали интервентам грабить нефтяные и др. богатства страны и т. д. В августе 1919 английские интервенты вынуждены были уйти из Азербайджана». А в декабре 1919 состоялся 2-й (последний) съезд «Мусават», который выявил глубокий кризис (внутри «Мусават» образовалось левое крыло, значительная часть которого отошла от партии). После падения Бакинской коммуны 1918, гибели Бакинских комиссаров и захвата всего Закавказья интервентами, дашнаками, мусаватистами и меньшевиками — упорная борьба за Советскую власть в Азербайджане продолжалась. И 28 апреля 1920 Советская власть в Азербайджане была восстановлена.
В 1920 году останки бакинских комиссаров были торжественно перезахоронены в Баку. В число комиссаров включили всех 26 расстрелянных, хотя среди них были и лица, не являвшиеся комиссарами, например личные охранники. Почитание памяти бакинских комиссаров началось во второй половине 50-х.
Согласно воспоминаниям Д. Шепилова, И. В. Сталин давал им следующую характеристику:
«Бакинские комиссары не заслуживают положительного отзыва. Их не нужно афишировать. Они бросили власть, сдали её врагу без боя. Сели на пароход и уехали. Мы их щадим. Мы их не критикуем. Почему? Они приняли мученическую смерть, были расстреляны англичанами. И мы щадим их память. Но они заслуживают суровой оценки. Они оказались плохими политиками. И когда пишется история, нужно говорить правду. Одно дело — чтить память. Мы это делаем. Другое дело — правдивая оценка исторического факта…»
