15 сентября 1956 года Ту-104 совершил первый регулярный рейс по маршруту Москва — Омск — Иркутск.
Новый самолет совершил революцию в отечественной гражданской авиации. С его появлением началось строительство новых взлетно-посадочных полос и аэровокзалов, появились привычные ныне системы регистрации багажа и оформления билетов, автобусы для авиапассажиров, машины аэродромного обслуживания (заправщики, тягачи, самоходные трапы и так далее). Билеты на рейсы Ту-104 раскупались моментально. Среди пилотов гражданской авиации работа на Ту-104 считалась чрезвычайно престижной.
Помимо эксплуатации в гражданской авиации, Ту-104 активно использовался военными и учеными.
