Когда недалеко от Константинопольского храма святой Софии воздвигли колонну в честь царицы Евдоксии, а затем, в честь этого события устроили торжества, отдававшие грубым язычеством и мешавшие своим шумом ходу богослужения, Иоанн Златоуст обратился к префекту, указав ему на несоответствие этого действа христианскому благочестию. Не получив должного ответа, публично обличил императрицу, назвав ее беснующейся, неистовствующей Иродиадой.
Это суровое обличение привело Евдоксию в ярость. Однако просто взять и наказать Константинопольского первосвятителя она не могла. Тогда вновь связалась с Феофилом, побуждая его к очередному суду над святым. Феофил, опасаясь вспышки народного гнева, не дерзнул явиться в столицу лично, однако направил туда специальное посольство: Акакия и Северина. Последние собрали врагов Златоуста, после чего совместным решением вынесен новый приговор о низложении. Император, поддавшись влиянию Евдоксии, приговор утвердил.
Иоанн Златоуст взят под стражу в 404 году, в день Пасхи, прямо во время богослужения. Некоторое время пребывал под домашним арестом, а затем его отправили в Вифинию. Римский Папа Иннокентий I, узнав о случившемся, не смог изменить ситуацию.
Из Вифинии осужденный отправлен в Кукуз, небольшое селение в Малой Армении. В Кукузе провел, в нужде и лишениях, около трех лет. Здесь занимался богоугодными трудами и молитвенным деланием, вел переписку. Время от времени его навещали антиохийцы. Зная о связях низложенного архиепископа с единомышленниками, враги не могли взирать на это спокойно. Под их влиянием император издал указ о переводе его на новое место, в Питиунт, в восточной части черноморского побережья.
