В 1625 году, Ерофей совершил свой первый сибирский поход на коче из Тобольска на Таймырский полуостров, в Мангазею. Через три года во главе экспедиции перешел по волокам и рекам на реку Хету. В 1630 году участвовал в плавании из Мангазеи в Тобольск.
С 1632 года жил в районе верхнего течения реки Лены, где на протяжении семи лет занимался скупкой пушнины. Затем открыл соляные источники в устье Куты, где построил соляную варницу.
В 1641 году возле устья реки Киренги Хабаровым была построена мельница. Спустя непродолжительное время он начал испытывать давление воеводы Петра Головина, который требовал увеличения объема урожая, который Хабаров отдавал ему по уговору. Позже Головин забрал все имущество и посадил Хабарова в Якутский острог, из которого тот вышел в 1645 году.
С отрядом из 70 человек, в 1649 году Хабаров отправился из Якутского острога вверх по Лене и Олекме и далее по Амуру, от впадения в него реки Урки до даурского городка Албазино. Весной 1650 года путешественник вернулся в Якутск с отчетом и за подмогой. Осенью того же года, взяв Албазино, продолжил сплав по Амуру. Отряд Хабарова одержал многочисленные победы над местными даурскими и дючерскими князьями, захватив много пленных и скота.
Результатом этого похода является принятие коренным приамурским населением русского подданства. В том походе Хабаров составил «Чертеж реке Амуру», который явился первой европейской схематической картой Приамурья, а также собрал немало информации о народах,проживающих возле Амура.
