18 мая 1704 г. Петром I на острове Котлин был основан город-крепость, город-порт Кронштадт.
Одно из первых упоминаний об острове Котлин относится к 1269 г. — договор города Новгорода с Ганзой. В 1323 г. по Ореховскому мирному договору остров служил границей между Новгородской землёй, а затем Россией — с одной стороны и Швецией — с другой. 27 февраля (9 марта) 1617 г. по Столбовскому мирному договору остров отошёл к шведам.
Для реализации идеи выхода России к морю и защиты от шведских кораблей земель Невской губы и Санкт-Петербурга Петр I задумал строительство фортовой крепости рядом с будущей столицей. Император сразу оценил огромное стратегическое значение острова Котлин. В 1703 г. после ухода шведской эскадры на зимовку к Выборгу, Пётр I начал возводить на острове крепость.
Модель крепости была сделана императором, а производство постройки было поручено А. Д. Меншикову. Уже к концу 1704 г. возле Котлина на отмели возвышалась деревянная трёхъярусная башня, с земляными насыпями. Фундаментом для её стен служили опущенные в воду деревянные срубы, наполненные камнями. Новую крепость вооружили 14 орудиями, а для лучшей защиты прохода, на самом острове была построена батарея, насчитывающая 60 орудий. Работа проходила в напряжённом темпе, и уже на следующую весну шведы, открывая навигацию, обнаружили в заливе, который они ещё недавно считали своим, появившуюся крепость, закрывшую им подход к Невской губе.
7 (18) мая 1704 г. крепость была освящена и названа Кроншлот. Этот день и считается датой основания города Кронштадта. Освящение новой крепости происходило в присутствии государя и сопровождалось трёхдневным торжеством. Коменданту Кроншлота была дана инструкция, в которой предписывались меры осторожности при встрече приходящих с моря кораблей. В документе говорилось: «Содержать сию ситадель, с Божию помощью, аще случится, хотя до последнего человека».
Первым укреплением на Котлине была батарея св. Иоанна или св. Яна, построенная в 1705 г. на южном берегу острова. Летом 1706 г. на косе было поставлено укрепление св. Александра.
В 1704 г. началось заселение острова Котлина служилыми людьми. Первыми поселенцами крепости Кроншлот стали полки Толбухина и Островского, составлявшие гарнизон острова. Первоначальные постройки находились на берегу моря. К 1710 г. было сооружено около 80 домов, принадлежащим большей частью военнослужащим. 16 (27) января 1712 г. был объявлен указ о переселении на Котлин 3 тыс. семейств, и началась усиленная постройка домов.
Флот в первые годы своего существования с ранней весны до поздней осени, стоял у Кроншлота и только после заморозков уходил в Петербург. Такой порядок ежегодного выхода флота на Котлинский рейд был неудобен. После Полтавской победы в ноябре 1709 г. император велел приступить к постройке гаваней, пристаней и магазинов на острове.
В 1719 г. началось строительство канала с доком, затянувшееся из-за нехватки людей и материала на долгие годы. В 1732 г., при Анне Иоановне, была сформирована комиссия для осмотра канала во главе с генерал-майором И. Л. Люберасом, который предложил расширить и углубить доковый бассейн, чтобы слив воды из доков происходил быстрее. Торжественное открытие доковой системы состоялось 30 июля (10 августа) 1752 г. в присутствии императрицы Елизаветы Петровны. Длина всей системы составила 2,24 километра. 1 (11) августа в док ввели крупнейший в русском флоте 120-пушечный корабль «Императрица Анна».
В 1789 г. на южном берегу Докового бассейна для изготовления снарядов для орудий и балласта для остойчивости кораблей был построен Чугунно-литейный завод.
В октябре 1804 г. в Кронштадте раньше чем в Санкт-Петербурге в действие был запущен водопровод.
26 июля (7 августа) 1803 г. из Кронштадта отправились в первую русскую кругосветную экспедицию шлюпы «Надежда» и «Нева» под руководством И. Ф. Крузенштерна и Ю. Ф. Лисянского, а 4 (16) июля 1819 г. — две научные экспедиции Ф. Ф. Беллинсгаузена и М. П. Лазарева, М. Н. Васильева и Г. С. Шишмарёва.
В 1707 г. на острове появилась футшточная служба, задача которой состояла в определении колебания уровня моря. В 1856 г. во дворе Кронштадтского Штурманского училища была построена первая в России морская астрономическая обсерватория. А в 1865 г. по инициативе капитан-лейтенанта И. П. Белавенца была основана первая в стране обсерватория магнитных компасов. Долгие годы она являлась единственной в России.
За годы Северной войны 1700-1721 гг. Кроншлот неоднократно отражал нападения флота Швеции, и с 1720-х гг. превратился в главную базу Балтийского флота. В начале 1780-х гг. сюда из Санкт-Петербурга было переведено Адмиралтейство.
В 1854 г., во время Крымской войны, англо-французская эскадра пыталась пройти к Санкт-Петербургу, но без боя отступила при виде укреплений и многочисленных фортов Кронштадта. В начале весны 1855 г. была произведена постановка донных и плавучих минных заграждений из мин конструкции академика Б. С. Якоби и предпринимателя Э. Нобеля. Летом 1855 г. при разведке Северного фарватера на первом в мире подводном минном заграждении подорвались 4 вражеских корабля.
В марте 1921 г. в Кронштадте вспыхнуло вооружённое восстание гарнизона города и экипажей некоторых кораблей Балтийского флота против большевиков (Кронштадтское восстание). Недовольные политикой «военного коммунизма», они потребовали проведения перевыборов Советов и изгнания из них большевиков, предоставления свободы слова, собраний и союзов всем партиям, обеспечения свободы торговли, разрешения крестьянам свободно пользоваться землёй и распоряжаться продуктами своего хозяйства. Вскоре восстание было жестоко подавлено.
Во время Великой Отечественной войны Кронштадт прикрывал Ленинград со стороны моря и выполнял роль «Огневого щита». Несмотря на сильные разрушения от массированных бомбардировок и артобстрелов в городе продолжали действовать ремонтная база кораблей Балтийского флота, лаборатория по размагничиванию судов и база подводных лодок, а моряки, населявшие город, постоянно участвовали в морских боевых операциях.
После войны Кронштадт, как военная база был закрыт для свободного посещения. В ноябре 1996 г. закрытый город был открыт для посетителей. В настоящее время остров с Санкт-Петербургом соединяет многокилометровый «Комплекс защитных сооружений Санкт-Петербурга от наводнений (КЗС)».
